疱疹性咽峡炎发烧时间有个体差异，一般多数患儿发烧持续2-4天左右，受年龄、病毒毒力、自身状况等因素影响，婴幼儿、病毒毒力强、有基础疾病等情况发烧可能延长，要密切监测体温，不适时采取物理降温、保证水分摄入，异常及时就医。
影响发烧持续时间的因素
年龄因素：
婴幼儿免疫系统发育尚不完善，感染肠道病毒后，发烧持续时间可能相对较长，有的可能达到4-5天甚至更久。这是因为婴幼儿自身的免疫调节能力较弱，对病毒的清除相对缓慢。例如，一项针对1-3岁疱疹性咽峡炎患儿的研究发现，约有部分患儿发烧时间会超过3天。
年长儿免疫系统相对成熟，发烧持续时间可能相对短一些，多数在2-4天内体温可逐渐恢复正常。
病毒毒力：如果引起疱疹性咽峡炎的肠道病毒毒力较强，患儿发烧持续时间可能会延长。不同亚型的肠道病毒致病力有差异，毒力强的病毒感染后，机体的免疫反应更为剧烈，发热时间可能会超过平均的2-4天。
患儿自身状况：
若患儿本身有基础疾病，如先天性心脏病、免疫缺陷病等，感染疱疹性咽峡炎后发烧持续时间可能会延长。因为基础疾病会影响患儿的整体身体状况和免疫功能，使得机体对抗病毒的能力下降，发热不易消退。
身体状况较好、营养状况良好的患儿，发烧持续时间相对较短。良好的营养状态有助于维持正常的免疫功能，更有利于机体对抗病毒感染，从而使发热尽快缓解。
对于疱疹性咽峡炎发烧的患儿，无论年龄大小，都要密切监测体温。当体温超过38.5℃且患儿出现不适症状时，可采取适当的物理降温措施，如用温水擦拭额头、颈部、腋窝、腹股沟等部位。同时，要保证患儿充足的水分摄入，防止脱水。特殊人群如婴幼儿，由于其体温调节中枢不完善等特点，更要精细护理，密切观察体温变化及精神状态等，一旦出现高热不退、精神萎靡等异常情况，应及时就医。
