生殖器疱疹主要是水疱、糜烂等表现，尖锐湿疣则是疣状赘生物。
首先，生殖器疱疹起病时局部会出现群集或散在的小水疱，之后破溃形成糜烂或溃疡。而尖锐湿疣初期是淡红色小丘疹，逐渐增大增多，形成菜花状、乳头状等赘生物。其次，生殖器疱疹常伴有疼痛、瘙痒等不适，尖锐湿疣一般无明显自觉症状，部分人可能有异物感、灼痛等。再者，生殖器疱疹容易复发，尖锐湿疣也有复发可能，但表现形式不同。
另外，生殖器疱疹的水疱多是成群出现，分布相对局限。尖锐湿疣的赘生物形态多样，可单发也可多发，好发于生殖器及肛周等部位。
还有，两者的病因也有差异，生殖器疱疹由单纯疱疹病毒引起，尖锐湿疣由人乳头瘤病毒感染所致。
