羊水穿刺是产前诊断方法，风险总体较低但仍有流产（约0.5%-1%，特殊情况风险升高）、感染（极低，生殖道感染时风险增高）、胎儿损伤（低于0.5%，特殊情况稍有增加）、羊水渗漏（约1%，多胎妊娠时相对高）等风险，医生会评估孕妇情况权衡利弊，高龄、唐筛高风险等人群可能需做，有凝血功能障碍、严重心肺功能不全等特殊人群不适合。
流产风险：羊水穿刺导致流产的风险约为0.5%-1%。这是因为穿刺过程中可能会对子宫造成刺激，引发宫缩等情况，从而增加流产的可能性。对于有多次流产史、子宫畸形等特殊情况的孕妇，流产风险可能会相对升高。例如，有研究表明，本身存在复发性流产病史的孕妇进行羊水穿刺后，流产风险会较普通孕妇有所增加。
感染风险：发生感染的概率极低，约为0.1%左右。感染主要是由于穿刺过程中消毒不严格等原因导致细菌等病原体侵入。孕妇如果本身存在生殖道感染等情况，感染风险会相对增高。比如孕妇在穿刺前就有阴道炎等生殖道感染性疾病，那么在进行羊水穿刺时，就更容易发生宫腔内感染。
胎儿损伤风险：胎儿被损伤的风险非常低，低于0.5%。在超声引导下进行羊水穿刺，可以最大程度地避免损伤胎儿。但如果超声定位不准确等特殊情况下，可能会有极小概率出现损伤胎儿的情况。对于胎位不正等情况的孕妇，胎儿损伤风险可能会稍有增加，因为超声定位相对困难。
羊水渗漏风险：羊水渗漏的发生率约为1%左右。穿刺后如果孕妇活动不当等，可能会导致少量羊水渗漏。一般来说，少量的羊水渗漏不会对胎儿造成严重影响，但如果渗漏较多，可能需要进一步处理。对于多胎妊娠的孕妇，羊水渗漏风险可能会相对高一些，因为子宫内压力相对较大。
羊水穿刺是一种有创的检查方法，医生会在进行羊水穿刺前充分评估孕妇的情况，包括孕周、孕妇的身体状况、胎儿的情况等，权衡利弊后决定是否进行该项检查。对于高龄孕妇、唐筛高风险孕妇等需要进行产前诊断的人群，羊水穿刺往往是必要的检查手段，虽然存在一定风险，但相比能获取准确的胎儿染色体等情况的益处来说，在充分知情同意后进行是较为合适的选择。特殊人群如本身有凝血功能障碍的孕妇，是不适合进行羊水穿刺的，因为可能会导致严重的出血等并发症；对于有严重心肺功能不全的孕妇，也需要谨慎评估，因为穿刺过程中的刺激等可能会加重心肺功能的负担。
