生殖器疱疹的诊断包括临床表现评估、实验室检查（病毒学检查如病毒培养、核酸检测，血清学检查）、细胞学检查、组织病理学检查，特殊人群如孕妇、免疫功能低下人群诊断需特殊考虑。临床表现有外生殖器等部位水疱、破溃、全身症状等；病毒学检查中病毒培养是“金标准”，核酸检测灵敏度高；血清学检查可辅助诊断但有局限；细胞学检查敏感性低；组织病理学检查有一定价值。
一、临床表现评估
生殖器疱疹患者通常会有特定的临床表现，如外生殖器或肛门周围出现群簇或散在的小水疱，2-4天后破溃形成糜烂或溃疡，自觉疼痛，同时可能伴有腹股沟淋巴结肿痛、发热、头痛、乏力等全身症状。不同年龄段人群表现可能有一定差异，儿童患者症状可能相对不典型，但也会出现相应部位的疱疹表现；有高危性行为史等特殊生活方式人群更需警惕该病可能。
二、实验室检查
1.病毒学检查
病毒培养：从皮损处取标本进行病毒培养是诊断生殖器疱疹的“金标准”，但操作复杂，需要一定的技术条件和时间，其原理是将标本接种到适宜的细胞培养物中，观察细胞病变等情况来判断是否有单纯疱疹病毒（HSV）生长。
核酸检测：包括聚合酶链反应（PCR）等方法，可检测病变部位的HSV-DNA。PCR检测灵敏度高、特异性强，能快速检测出标本中的病毒核酸，对于症状不典型或处于潜伏期的患者有重要诊断价值。例如，在临床疑似生殖器疱疹但临床表现不典型时，通过PCR检测皮损部位的样本，若能检测到HSV-DNA则可明确诊断。
2.血清学检查：检测血清中的抗HSV抗体，主要用于诊断HSV原发性感染，辅助诊断复发性生殖器疱疹。但血清学检查不能区分HSV-1和HSV-2感染，而且对于已感染HSV但处于窗口期的患者可能出现假阴性结果。
三、细胞学检查
取皮损处细胞作涂片，经巴氏染色等处理后，可见特征性的多核巨细胞和核内嗜酸性包涵体，但该方法敏感性较低，仅约为病毒培养的50%-80%，一般不作为首选的诊断方法，但在基层医疗单位可作为初步筛查手段之一。
四、组织病理学检查
取病变组织进行病理切片检查，可见表皮内水疱，棘层松解，真皮乳头水肿，有炎性细胞浸润等表现，对生殖器疱疹有一定的诊断价值，但由于其为有创检查，一般在其他检查难以明确诊断时才考虑使用。
特殊人群方面，孕妇感染生殖器疱疹可能会对胎儿造成影响，如导致新生儿疱疹等，在诊断时需要更加谨慎全面地评估各项检查指标，以制定合适的处理方案；免疫功能低下人群如艾滋病患者等，其生殖器疱疹的临床表现可能不典型，实验室检查结果也可能有差异，诊断时需要综合考虑其免疫状态等多方面因素来准确判断。
