直肠脱垂有不同阶段的症状，早期有排便时肿物脱出（便后可自行回纳）、肛门坠胀感；进展期有肿物脱出后不能自行回纳、黏液分泌增多；晚期有直肠全层脱出（难回纳易再脱）、严重时可发生嵌顿（肿物不能回纳致血液循环障碍、肿胀疼痛甚至坏死）。
一、早期症状
排便时有肿物脱出：早期直肠脱垂在排便时可出现肿物脱出肛门外的情况，一般便后可自行回纳。对于儿童患者，多在排便时可见圆形、红色、表面光滑的肿物从肛门脱出，患儿可能会因不适而哭闹；成年患者在排便时也可出现类似情况，但随着病情发展，回纳可能会变得不那么容易。这是因为直肠黏膜或部分直肠壁向下移位，在排便用力等腹压增加的情况下脱出。
肛门坠胀感：患者可感觉肛门部有坠胀不适的感觉，尤其是在早期直肠脱垂时，由于直肠组织向下移位，对肛门周围的神经等产生一定刺激，从而引起坠胀感。这种坠胀感在儿童和成年患者中都可能出现，儿童可能表现为经常用手搔抓肛门周围，或者有不安的表现；成年患者则可能会频繁感觉肛门部位有异样，影响日常的生活和工作。
二、进展期症状
肿物脱出后不能自行回纳：随着病情的进展，直肠脱垂的程度加重，肿物脱出后不能自行回纳，需要用手推回或卧床休息后才能回纳。此时，对于儿童患者，家长可能会发现孩子在排便后需要帮助才能将脱出的肿物回纳；成年患者可能会发现自己在行走、咳嗽等腹压增加的情况下，肿物更容易脱出，且回纳变得困难，给生活带来诸多不便。这是因为直肠全层或部分肠壁进一步下移，与周围组织的粘连等情况逐渐加重，导致回纳困难。
黏液分泌增多：由于直肠黏膜反复脱出，与肛门周围皮肤摩擦，导致直肠黏膜分泌黏液增多，可自肛门流出，刺激肛门周围皮肤，引起瘙痒、潮湿等不适。儿童患者可能会出现肛门周围皮肤发红、瘙痒等表现，可能会忍不住搔抓；成年患者则可能会感觉肛门周围潮湿、瘙痒，影响个人卫生和生活质量。
三、晚期症状
直肠全层脱出：晚期直肠脱垂可出现直肠全层脱出，甚至部分乙状结肠也随之脱出，脱出的肿物较大，呈椭圆形，表面可见有层次的黏膜皱襞。此时，肿物脱出后很难回纳，即使回纳后也容易再次脱出。对于儿童患者，由于身体发育尚未完全，长期的直肠全层脱出可能会影响其生长发育；成年患者则可能会因为长期的直肠全层脱出，导致身体消耗增加，出现乏力、消瘦等全身症状。
嵌顿：严重时直肠脱垂可发生嵌顿，即脱出的肿物不能回纳，导致局部血液循环障碍，出现肿物肿胀、疼痛，甚至坏死。儿童患者发生嵌顿时可能会哭闹不止，疼痛明显；成年患者则会感觉肛门部位剧烈疼痛，伴有发热等全身症状，需要及时就医处理，否则可能会引起严重后果，如感染扩散等。
