脑干脑炎有神经系统症状和其他系统相关症状。神经系统症状包括意识障碍（轻者嗜睡、重者昏迷）、颅神经受损症状（眼球运动障碍、面部感觉及运动异常、吞咽困难构音障碍）、运动障碍（肢体瘫痪、肌张力异常）；其他系统相关症状有发热（多数患者出现，不同年龄特点不同）、自主神经功能紊乱症状（血压异常、心率失常、多汗或无汗）。
一、神经系统症状
意识障碍
不同年龄、性别、生活方式及病史的患者均可出现意识障碍，轻者可表现为嗜睡，患者处于睡眠状态，但能被唤醒，醒后可配合简单的指令；重者可出现昏迷，对各种刺激均无反应。例如，儿童脑干脑炎患者可能因病情进展较快而较早出现昏迷状态，而一些有基础疾病的老年患者，意识障碍的表现可能与基础疾病导致的机体状况相关，基础疾病可能影响患者对疾病的耐受和反应，从而使意识障碍的出现和发展有其特点。
意识障碍的发生与脑干中与意识维持相关的神经结构受损有关，脑干网状结构上行激活系统等部位的病变会影响意识的清醒程度。
颅神经受损症状
眼球运动障碍：常见眼球活动受限、复视等。不同性别、年龄患者表现可能类似，如儿童脑干脑炎患者可能出现双眼不能向上、向下或向一侧灵活转动，导致看东西重影。这是因为脑干中支配眼球运动的颅神经核团或神经纤维受损，动眼神经、滑车神经、展神经等相关结构受累，影响了眼球的正常运动功能。
面部感觉及运动异常：可出现面部感觉减退或消失，如触觉、痛觉等感觉异常；面部肌肉运动障碍，表现为面瘫，一侧面部肌肉无力，不能正常皱眉、闭眼、鼓腮等。这与三叉神经、面神经等颅神经在脑干内的走行和受累有关，三叉神经负责面部感觉传入，面神经支配面部肌肉运动，脑干病变累及这些神经相关结构时就会出现相应症状。
吞咽困难、构音障碍：患者会出现吞咽食物困难，饮水时容易呛咳，说话时发音不清、言语含糊等。这是由于舌咽神经、迷走神经等颅神经受累，舌咽神经参与吞咽反射的传入和传出，迷走神经也对吞咽、发音等功能有重要作用，脑干病变影响这些神经功能时就会导致吞咽和构音障碍，不同年龄、性别患者因个体差异可能在吞咽困难的程度和构音障碍的表现上略有不同，但本质都是神经受累导致的相应功能异常。
运动障碍
肢体瘫痪：可出现一侧或双侧肢体的瘫痪，表现为肢体无力，严重时不能活动。例如，男性患者可能因脑干脑炎出现单侧肢体瘫痪，影响其日常活动，而女性患者也可能有类似的肢体运动功能受限情况。肢体瘫痪的发生是因为脑干内支配肢体运动的神经传导通路受损，皮质脊髓束等下行传导束在脑干内走行，当这些结构受损时，会导致肢体运动功能障碍，不同年龄患者的恢复情况可能不同，儿童的恢复潜力相对较大，但也受病情严重程度等因素影响。
肌张力异常：可出现肌张力增高或降低。肌张力增高表现为肢体僵硬，活动受限；肌张力降低则表现为肢体松软，无力支撑。不同性别、生活方式和病史的患者肌张力异常的表现有所差异，有长期卧床生活方式的患者可能因肌张力异常更容易出现肌肉萎缩等并发症，而年轻患者相对更有可能通过积极治疗改善肌张力异常情况。肌张力异常与脑干内调节肌张力的神经结构受损有关，如基底节等相关结构虽不在脑干，但脑干与基底节等有神经联系，病变可影响肌张力的调节。
二、其他系统相关症状
发热
多数患者会出现发热症状，体温可呈不同程度升高，如低热（体温在37.3-38℃）、中度发热（体温在38.1-39℃）或高热（体温超过39℃）。不同年龄患者发热特点有所不同，儿童体温调节中枢发育不完善，可能体温波动较大，而老年患者体温升高可能相对不典型，有时可能仅表现为低热或中度发热。发热是机体对脑干脑炎这种炎症性病变的一种免疫反应，炎症因子等释放会引起体温调节中枢功能紊乱，从而导致发热，不同性别患者在发热表现上无明显特异性差异，但可能因基础代谢率等因素影响发热程度和持续时间，有基础疾病如甲状腺功能亢进的患者，本身基础代谢率高，发热时可能体温升高更明显。
自主神经功能紊乱症状
血压异常：可出现血压升高或降低。部分患者表现为血压升高，可能与脑干病变影响了自主神经对血管运动的调节有关；也有患者出现血压降低，严重时可能导致休克等情况。不同年龄、生活方式和病史的患者血压异常的表现不同，年轻患者血压调节功能相对较好，出现严重血压异常的情况相对较少，但一旦出现需要及时处理，而老年患者本身可能有动脉硬化等基础情况，血压异常可能加重心脑血管的负担，增加心脑血管事件的风险。
心率失常：表现为心跳节律不规则，如出现早搏、心动过速或心动过缓等。这是因为脑干内的自主神经中枢对心脏的神经调节受到影响，迷走神经和交感神经对心脏的支配失衡，从而导致心率失常。不同性别患者心率失常的类型可能无明显差异，但在病情严重程度不同时，心率失常的表现和对患者的影响程度不同，病情较重的患者可能心率失常更为明显和复杂，需要密切监测心电图等相关指标。
多汗或无汗：部分患者会出现多汗，即身体出汗较多，而有些患者则表现为无汗，皮肤干燥。这与自主神经对汗腺分泌的调节功能障碍有关，脑干病变累及自主神经中调节汗腺分泌的纤维时，就会出现多汗或无汗的情况，不同年龄患者的汗腺功能有差异，儿童汗腺发育相对不完善，多汗或无汗的表现可能与成人不同，老年患者汗腺功能减退，也可能影响多汗或无汗的表现特点。
