流行性乙型脑炎的主要传染源是猪、其他动物、人。
1.猪
猪是流行性乙型脑炎的主要传染源。在流行期间，感染率高且病毒血症期长，幼猪更为易感。猪感染乙脑病毒后，病毒在其体内大量增殖，随后通过血液循环进入唾液腺和其他组织，进而排出病毒。蚊虫叮咬感染病毒的猪后，再叮咬人，就可能将病毒传播给人类。
2.其他动物
除猪外，牛、羊、马、狗等家畜及鸡、鸭、鹅等家禽也可感染乙脑病毒成为传染源，但它们作为传染源的重要性相对较低。如牛感染后多为隐性感染，病毒血症期短，排毒量少，传播能力弱；家禽感染后虽能产生病毒血症，但因其活动范围相对局限，与人接触机会较少，传播给人的风险也较小。
3.人
人感染乙脑病毒后，一般情况下病毒血症期短暂且病毒含量低，作为传染源的意义不大。尤其是隐性感染者，因其无明显症状，不易被察觉，在人群中流动，但病毒传播能力有限。而显性感染患者在发病初期虽可出现病毒血症，但持续时间短，病毒排出量少，传给他人的机会不多。
