腱鞘囊肿多数情况会有疼痛表现，部分患者囊肿小仅局部酸胀，增大压迫周围组织神经时会有明显酸痛、胀痛或刺痛等，活动关节时加剧，儿童、特殊生活方式人群、有病史人群更易疼痛，少数情况可能无明显疼痛仅触及肿块，与位置、大小及个体耐受程度有关。
多数情况会有疼痛表现：
一般人群：部分腱鞘囊肿患者会出现疼痛症状。当囊肿较小且未压迫周围组织神经时，可能仅有局部的酸胀感；而当囊肿逐渐增大，压迫到周围的神经、血管或其他组织结构时，就会引起较为明显的疼痛，这种疼痛可能为酸痛、胀痛或刺痛等，尤其在活动相关关节时，由于囊肿受到挤压或牵拉，疼痛可能会加剧。例如，手部的腱鞘囊肿，在手部活动频繁时，如抓握东西、屈伸手指等，疼痛可能会更明显。
儿童：儿童患腱鞘囊肿时也可能出现疼痛，但其疼痛表现可能因儿童的表达能力等因素而有所不同。比如较小的儿童可能无法准确描述疼痛，但会表现出肢体的异常活动、哭闹等，这是因为囊肿对儿童关节周围组织的刺激同样会引发不适。
特殊生活方式人群：长期从事手部精细劳作或关节过度活动的人群，如键盘操作员、乐器演奏者等，患腱鞘囊肿后更易出现疼痛，因为他们的关节及腱鞘使用频率高，囊肿对局部组织的影响会更明显。
有病史人群：本身有关节炎等基础病史的人群，患腱鞘囊肿后疼痛可能会更复杂，因为原有疾病和腱鞘囊肿相互影响，加重局部的不适和疼痛症状。
少数情况可能无明显疼痛：也有极少数腱鞘囊肿患者可能疼痛不明显，仅能触及到局部的肿块，这可能与囊肿的位置、大小以及个体对疼痛的耐受程度等因素有关。比如囊肿生长部位相对较隐匿，对周围组织的刺激较小，或者患者本身对疼痛的耐受阈值较高，就可能感觉不到明显的疼痛，但仍可能存在其他如局部肿胀等表现。
