骨软骨瘤是常见良性骨肿瘤，病因未完全明确，主要与遗传因素（约10%-20%患者有家族史，EXT1和EXT2基因突变致软骨细胞生长分化调控异常）、胚胎发育异常（软骨内化骨过程异常，信号通路异常干扰软骨组织正常发育）、生长发育因素（生长发育高峰期的儿童青少年易患，此阶段骨骼生长活跃，若有异常因素易致瘤）有关，有家族史人群需遗传咨询和定期监测，儿童也应关注骨骼生长情况。
遗传因素：约10%-20%的骨软骨瘤患者有家族史，呈常染色体显性遗传。研究发现，EXT1和EXT2基因的突变与骨软骨瘤的发生密切相关。这些基因的突变会影响软骨细胞的正常生长和分化调控，导致软骨帽异常增生形成骨软骨瘤。例如，在一些有家族性骨软骨瘤病史的家族中，子代遗传了突变的EXT基因，使得软骨组织的发育出现异常，进而增加了患骨软骨瘤的风险。
胚胎发育异常：在胚胎发育时期，软骨内化骨过程中出现异常。正常情况下，软骨组织会逐渐被骨组织替代形成骨骼，但如果在这个过程中，软骨细胞的增殖和分化调控出现紊乱，就可能导致骨软骨瘤的形成。胚胎时期某些信号通路的异常激活或抑制，会干扰软骨组织的正常发育进程，使得局部软骨组织过度生长并形成向外突出的骨软骨瘤样结构。
生长发育因素：处于生长发育高峰期的儿童和青少年更容易发生骨软骨瘤。这是因为在生长发育阶段，骨骼的生长活跃，软骨细胞的增殖速度较快，若存在上述遗传或胚胎发育相关的异常因素，就更易促使骨软骨瘤的发生。例如，青春期前的儿童，身体生长激素分泌旺盛，骨骼生长迅速，此时如果软骨组织的调控机制出现问题，就容易引发骨软骨瘤。对于特殊人群如儿童，由于其正处于生长发育关键时期，家长应密切关注孩子骨骼的生长情况，若发现异常应及时就医检查。而对于有家族遗传病史的人群，更应做好遗传咨询和定期的骨骼监测，以便早期发现和干预骨软骨瘤的发生。
