胃肠功能紊乱的常见原因包括饮食因素（不规律饮食习惯、不同年龄受影响不同）、精神心理因素（长期情绪问题通过脑-肠轴影响）、胃肠道感染（病原体感染损伤黏膜、破坏菌群平衡）、药物副作用（不同药物影响机制不同、老年人需谨慎）、遗传因素（部分与遗传有关、家族病史者风险高）及其他因素（年龄影响、全身性疾病影响胃肠功能）。
精神心理因素：长期的精神压力、焦虑、抑郁、紧张等情绪问题可影响胃肠功能。当人体处于应激状态时，神经系统会通过脑-肠轴影响胃肠的运动、分泌等功能。比如，长期高强度工作的人群，由于精神长期高度紧张，易出现胃肠功能紊乱，表现为腹痛、腹胀、腹泻或便秘等症状。女性在月经周期等特殊时期，激素水平变化可能会加重情绪波动对胃肠功能的影响。
胃肠道感染：细菌、病毒等病原体感染胃肠道后，可直接损伤胃肠黏膜，破坏胃肠道的正常菌群平衡，从而引发胃肠功能紊乱。例如，沙门氏菌、大肠杆菌等感染引起的急性胃肠炎，在感染控制后仍可能遗留胃肠功能紊乱的情况。儿童免疫系统发育尚未完善，更易受到胃肠道感染的影响，且感染后恢复过程中胃肠功能调整相对较慢。
药物副作用：某些药物可能会引起胃肠功能紊乱的副作用，如非甾体类抗炎药（如阿司匹林等）、抗生素（如广谱抗生素长期使用可导致肠道菌群失调）等。不同药物对胃肠的影响机制不同，非甾体类抗炎药主要是通过抑制胃肠黏膜前列腺素的合成，削弱胃肠黏膜的保护作用；抗生素则是破坏了肠道原有的菌群生态平衡。老年人由于肝肾功能减退，药物代谢能力下降，使用易引起胃肠副作用的药物时更需谨慎。
遗传因素：部分胃肠功能紊乱可能与遗传因素有关，某些家族性的胃肠功能紊乱患者可能存在特定的基因易感性。虽然具体的遗传机制还在进一步研究中，但遗传因素在胃肠功能紊乱的发生发展中起到一定作用。有家族胃肠功能紊乱病史的人群，相对其他人来说患病风险可能更高，需要在生活中更加注意胃肠的保养。
其他因素：年龄也是一个重要因素，老年人胃肠功能本身逐渐衰退，胃肠蠕动减慢，消化液分泌减少，更容易出现胃肠功能紊乱；而儿童胃肠功能尚在发育中，也较易受各种因素影响导致功能紊乱。此外，一些全身性疾病，如甲状腺功能亢进或减退、糖尿病等，也可能影响胃肠的正常功能，从而引发胃肠功能紊乱。甲状腺功能亢进时，甲状腺激素分泌过多，会加快胃肠蠕动，导致腹泻等胃肠功能紊乱表现；糖尿病患者若出现自主神经病变，会影响胃肠的神经调节，引起胃肠动力不足、消化吸收不良等问题。
