肩膀肌肉萎缩的原因包括神经源性、肌源性和血管源性因素。神经源性因素有脊髓病变（如脊髓损伤、肿瘤等影响神经支配致肩肌萎缩，儿童先天性脊髓发育异常也可引发）和神经根病变（颈椎病致神经根受压使肩肌营养障碍萎缩，中老年多发，不良生活方式加重风险）；肌源性因素有肌肉本身疾病（进行性肌营养不良症累及肩肌，多发性肌炎等自身免疫性肌病攻击肌肉致萎缩）和废用性因素（长期肩部固定致肩肌废用性萎缩，儿童及成人骨折固定、老年人受伤固定均可能出现）；血管源性因素有肩部血管病变（动脉粥样硬化致血管狭窄使肌肉缺血性萎缩，中老年高发，不良生活方式促发）。
神经根病变：颈椎病是常见的引起神经根病变的原因，增生的颈椎骨质、突出的椎间盘等压迫神经根，会导致其所支配的肩膀肌肉出现营养障碍，进而发生萎缩。在中老年人群中较为常见，随着年龄增长，颈椎退变概率增加，患颈椎病风险升高。女性可能由于特殊的生理结构或生活姿势等因素，相对更容易出现颈椎问题导致神经根受压。长期伏案工作、低头玩手机等不良生活方式会加重颈椎负担，增加神经根病变引发肩膀肌肉萎缩的风险。
肌源性因素
肌肉本身的疾病：进行性肌营养不良症是一种遗传性肌病，其中杜氏肌营养不良症可累及肩部肌肉，导致肌肉逐渐萎缩无力。该病主要影响男性儿童，通常在儿童期发病，表现为进行性的肌肉无力和萎缩，肩部肌肉受累后会出现抬肩困难等表现。其他如多发性肌炎等自身免疫性肌病，免疫系统攻击肌肉组织，引起肌肉炎症、变性，进而导致肌肉萎缩，肩部肌肉也可能受累，这类患者年龄跨度较大，不同年龄段都有可能发病，生活方式上如果存在感染等情况可能诱发疾病发作。
废用性因素：长期肩部固定，如因骨折、创伤等原因长时间使用石膏固定肩部，导致肩膀肌肉缺乏运动刺激，会引起肌肉废用性萎缩。无论是儿童还是成人，骨折后长时间固定都会出现这种情况。比如儿童肩部骨折后，若固定时间过长，肩部肌肉得不到正常的活动锻炼，就会发生废用性萎缩。对于老年人，本身肌肉力量相对较弱，若肩部受伤固定时间较长，肌肉萎缩的情况可能更为明显，恢复起来也相对更慢。
血管源性因素
肩部血管病变：肩部的血管发生堵塞或狭窄等病变，会影响肌肉的血液供应，导致肌肉缺血性萎缩。例如动脉粥样硬化引起肩部动脉狭窄，使肌肉得不到充足的血液滋养，逐渐出现萎缩。中老年人群中动脉粥样硬化发病率较高，男性和女性在这方面的发病风险随着年龄增长而增加，不良的生活方式如高脂饮食、缺乏运动等会促进动脉粥样硬化的发生发展，进而增加肩部血管病变导致肌肉萎缩的风险。
