咽峡炎可由病毒、细菌感染及其他因素引起，病毒如柯萨奇病毒、埃可病毒、疱疹性口腔炎病毒可通过粪-口、飞沫、接触等途径传播致儿童等感染；细菌如A组乙型溶血性链球菌、葡萄球菌可通过飞沫、皮肤接触等途径传播引发感染；免疫力低下者及长期处于空气污染严重、过度干燥环境者易患咽峡炎。
埃可病毒：同样属于肠道病毒，也是导致咽峡炎的常见病毒之一。其传播方式与柯萨奇病毒类似，主要通过密切接触和粪-口途径传播。不同年龄段的人群都可能感染埃可病毒，但儿童感染后引发咽峡炎的情况较为多见，这与儿童的生活环境和接触方式有关，比如儿童可能在玩耍过程中接触到被病毒污染的物体表面后再接触口腔而感染。
疱疹性口腔炎病毒：属于单纯疱疹病毒的一种类型，可引起咽峡部出现疱疹等病变从而导致咽峡炎。该病毒具有一定的传染性，主要通过直接接触传播，比如与感染者亲吻、共用餐具等都可能导致感染。在家庭环境中，如果有成员感染了疱疹性口腔炎病毒，就容易在家庭成员之间传播，尤其是儿童与患病家长接触时更易被感染。
细菌感染
A组乙型溶血性链球菌：是引发咽峡炎的常见细菌病原体之一。这种细菌可通过飞沫传播，当健康人吸入含有该细菌的飞沫后，就可能受到感染。在学校、军营等人群密集的场所，由于人员近距离接触频繁，A组乙型溶血性链球菌容易传播，从而导致咽峡炎的发生。例如在班级中如果有同学感染了由该细菌引起的咽峡炎，就可能通过咳嗽、打喷嚏等方式将细菌传播给其他同学。
葡萄球菌：某些类型的葡萄球菌也可能引起咽峡炎。葡萄球菌广泛存在于自然界中，可通过皮肤接触、飞沫等多种途径传播。当人体的咽部黏膜防御功能下降时，葡萄球菌就容易在咽部定植并引发感染，比如长期处于疲劳状态、患有其他基础疾病导致免疫力低下的人群，就更容易受到葡萄球菌的侵袭而患上咽峡炎。
其他因素
免疫力低下：无论是儿童还是成年人，如果自身免疫力低下，就更容易受到各种病原体的侵袭而引发咽峡炎。例如患有免疫缺陷疾病的患者，其免疫系统无法正常发挥作用，对病毒和细菌的抵御能力减弱，比正常人更易患上咽峡炎。儿童由于免疫系统尚在发育过程中，相对成年人免疫力较低，也是咽峡炎的高发人群之一，尤其是在季节交替、气温变化较大的时候，儿童更容易因免疫力相对低下而感染病原体引发咽峡炎。
环境因素：长期处于空气污染严重的环境中，咽部黏膜容易受到刺激和损伤，从而降低局部的防御能力，增加咽峡炎的发病风险。比如在工业污染较为严重的地区，空气中存在大量的有害颗粒物和化学物质，人们长期吸入后，咽部黏膜的正常功能受到影响，容易引发炎症反应。此外，过度干燥的环境也不利于咽部黏膜的健康，会使咽部黏膜的抵抗力下降，增加咽峡炎的发生几率，例如在冬季使用暖气或空调的室内，如果空气湿度较低，就可能导致咽部黏膜干燥，容易受到病原体感染。
