小儿病毒性心肌炎主要由病毒感染引起，肠道病毒（如柯萨奇病毒、埃可病毒）和呼吸道病毒（如流感病毒、腺病毒）为常见致病病毒，小儿自身免疫系统发育不完善及存在基础疾病等情况使其易患该病，肠道病毒经粪-口途径传播，呼吸道病毒通过飞沫传播等，病毒可侵入心肌引发炎症。
肠道病毒：
柯萨奇病毒：是引起小儿病毒性心肌炎较为常见的病毒类型。柯萨奇病毒分为A组和B组，其中B组中的B1-B6型病毒与心肌炎的关系较为密切。肠道病毒通过粪-口途径传播，患儿可能因接触被病毒污染的食物、水等而感染。例如，在卫生条件较差的环境中，儿童容易误食被柯萨奇病毒污染的物品，从而引发肠道感染，进而病毒可侵入心肌组织。
埃可病毒：也可导致小儿病毒性心肌炎，其感染途径同样主要是经消化道传播。埃可病毒感染人体后，可在肠道内大量繁殖，然后通过血液循环到达心肌，引起心肌细胞的炎症反应。
呼吸道病毒：
流感病毒：包括甲型流感病毒和乙型流感病毒等。流感病毒主要通过飞沫传播，小儿在人群密集的场所，如幼儿园、学校等，容易通过吸入含有流感病毒的飞沫而感染。病毒侵入人体后，可经过呼吸道黏膜进入血液循环，进而累及心肌。研究表明，流感病毒感染后，机体的免疫反应可能会损伤心肌细胞，引发心肌炎。
腺病毒：腺病毒可引起呼吸道感染，小儿感染腺病毒后，病毒可侵入心肌组织。腺病毒的传播方式主要是通过飞沫传播以及接触被污染的物体表面后再接触口鼻等黏膜而感染。
小儿自身的免疫系统发育尚不完善也是一个重要因素。年龄较小的儿童，尤其是婴幼儿，免疫系统相对较弱，当病毒感染时，机体的免疫应答可能不能有效地清除病毒，导致病毒在体内持续存在，更容易侵犯心肌组织。例如，新生儿时期，免疫系统功能更不成熟，对病毒的清除能力更差，感染病毒后发生心肌炎的风险相对较高。此外，一些患有基础疾病、营养不良或者有先天性心脏病等情况的小儿，身体的抵抗力较低，更容易受到病毒的侵袭而引发病毒性心肌炎。比如，患有先天性心脏病的小儿，心脏结构存在异常，心肌的供血等情况与正常儿童不同，当病毒感染时，心肌更容易受到损伤，从而增加了患病毒性心肌炎的几率。
