疱疹性咽峡炎的诊断方法包括临床表现观察，如发热、咽痛、口腔咽部特征性疱疹及不同年龄表现差异；体格检查，包括口腔局部和全身一般状况检查；实验室检查，血常规可初步判断，病毒学检查通过核酸检测等明确；还需与手足口病、疱疹性龈口炎鉴别，手足口病有手足臀部皮疹，疱疹性龈口炎累及牙龈，疱疹性咽峡炎牙龈不受累。
症状表现：疱疹性咽峡炎患儿通常会出现发热，多为突发高热，体温可迅速升至39℃-40℃，部分患儿还可能伴有咽痛，婴幼儿可能因咽痛而出现拒食、流涎等表现。病程中口腔咽部会出现特征性疱疹，疱疹初期为灰白色丘疹，之后迅速变为疱疹，周围绕以红晕，多见于软腭、悬雍垂、扁桃体及扁桃体前柱，但牙龈不受累，这是与疱疹性龈口炎的重要鉴别点。
年龄因素影响：不同年龄患儿临床表现可能有一定差异，婴幼儿由于表达能力有限，拒食、流涎等表现可能更为突出，而年长儿可以更明确表述咽痛等症状。
体格检查
口腔局部检查：医生会用压舌板等工具检查口腔咽部，重点观察疱疹的分布、形态等情况。除了观察典型的疱疹表现外，还会注意咽部黏膜是否有充血等炎症表现。
全身一般状况检查：检查患儿的精神状态、生命体征等，了解患儿整体的一般情况，如体温、心率、呼吸等，判断病情的严重程度。
实验室检查
血常规检查：外周血白细胞计数一般正常或轻度降低，淋巴细胞比例相对增高。通过血常规可以初步判断是病毒感染还是细菌感染等情况，疱疹性咽峡炎一般以病毒感染为主，所以血常规多提示病毒感染的相关改变。
病毒学检查：
病毒核酸检测：可以通过采集患儿咽部样本进行病毒核酸检测，例如采用实时荧光定量PCR技术检测柯萨奇病毒A组等相关病毒的核酸，能够快速、准确地明确是否为疱疹性咽峡炎相关病毒感染，对于早期诊断有重要意义。
病毒分离培养：从患儿病变部位采集标本进行病毒分离培养，但该方法操作相对复杂，耗时较长，一般在科研等特殊情况下使用，临床常规诊断中较少采用。
鉴别诊断
与手足口病鉴别：手足口病除了口腔咽部疱疹外，手、足、臀部等部位也会出现皮疹或疱疹，而疱疹性咽峡炎一般无这些部位的皮疹表现，可通过典型的皮疹分布特点进行鉴别。
与疱疹性龈口炎鉴别：疱疹性龈口炎主要累及牙龈，而疱疹性咽峡炎牙龈不受累，这是两者重要的鉴别点之一，医生可通过口腔局部检查来区分。
