胃肠功能紊乱有消化系统症状和全身症状，消化系统症状包括腹痛（部位不固定、不同年龄表现有别、诱因多样）、腹胀（各年龄段可发生、与多种因素相关）、恶心呕吐（各年龄段均可出现、诱因各异）、食欲不振（各年龄层都可能有、与多种因素有关）、腹泻或便秘（不同年龄诱因不同、因肠道运动规律被打乱所致）；全身症状有乏力（因营养吸收不良等引起、各年龄段均可出现）、精神心理症状（长期受困扰人群易出现、年龄大及生活压力大人群更易有、可形成恶性循环）。
腹痛：疼痛部位不固定，可为隐痛、胀痛、绞痛等。不同年龄人群表现略有差异，儿童可能因无法准确表述疼痛，表现为哭闹不安等；成人可明确指出疼痛位置及性质。比如有的患者上腹部隐痛，持续或间断发作，可能与胃肠蠕动紊乱、肠道痉挛等有关，而生活不规律、精神压力大等因素可能诱发。
腹胀：腹部有胀满感，可伴有腹部膨隆。各年龄段均可出现，比如老年人胃肠功能本身相对较弱，更容易发生腹胀，常因进食不易消化的食物、胃肠动力不足等导致，患者自觉腹部饱胀，影响食欲。
恶心呕吐：可偶尔发生或频繁出现。儿童胃肠功能紊乱时恶心呕吐较为常见，可能是饮食不当、感染等引起，而成年人也可能因情绪因素、胃部疾病等导致，比如情绪紧张焦虑时可能出现恶心，严重时引发呕吐。
食欲不振：对食物缺乏兴趣，进食量减少。不同年龄层都可能出现，比如青少年学习压力大时可能影响食欲，老年人胃肠功能紊乱时也常伴有食欲不振，这与胃肠消化功能减退、神经调节异常等有关。
腹泻或便秘：腹泻表现为大便次数增多、质地稀薄；便秘则是大便干结、排便困难。儿童腹泻可能由感染、饮食因素等引起，而成人便秘可能与不良排便习惯、肠道蠕动减慢等有关，比如长期久坐、饮水少的人群容易出现便秘，胃肠功能紊乱时肠道的正常运动规律被打乱，就会出现腹泻或便秘的情况。
全身症状
乏力：患者感觉身体疲倦、没有力气，影响日常生活和工作。各年龄段均可出现，胃肠功能紊乱导致营养吸收不良、身体代谢紊乱等可能引起乏力，比如长期胃肠功能紊乱的患者，由于营养摄入不足，会出现全身乏力的表现。
精神心理症状：常见焦虑、抑郁、失眠等。比如一些长期受胃肠功能紊乱困扰的人群，由于身体不适长期存在，容易产生精神心理方面的问题，年龄较大、生活压力大的人群更易出现，焦虑抑郁情绪又可能反过来影响胃肠功能，形成恶性循环。
