原发性生殖器疱疹有2至14天潜伏期，发病初期外生殖器或肛门周围现群簇或散在小水疱，约2至4天破溃成糜烂或溃疡伴明显疼痛，部分患者有腹股沟淋巴结肿痛及发热、头痛、乏力等全身症状，女性可累及宫颈等，男性有尿道症状；复发性常于原发性治愈后1至4个月内发生，复发前有烧灼感等前驱症状，随后出水疱且数目较原发性少、病程短、全身症状轻、局部疼痛相对轻；免疫功能低下者患生殖器疱疹症状更严重持续时间更长、水疱更多更大、糜烂或溃疡面积更广、全身症状更明显且复发频率更高病情难控制；妊娠期女性感染可能致新生儿疱疹且自身症状因激素变化可能更显著需关注胎儿及分娩方式；男性好发龟头、冠状沟、阴茎体等部位，女性好发大小阴唇、阴蒂、宫颈等且更易累及宫颈，女性在月经前后等激素变化时复发更频繁。
一、原发性生殖器疱疹表现
原发性生殖器疱疹多有2~14天的潜伏期，发病初期外生殖器或肛门周围会出现群簇或散在的小水疱，约2~4天后水疱破溃形成糜烂或溃疡，伴有明显疼痛。部分患者可出现腹股沟淋巴结肿痛，同时可能伴有发热、头痛、乏力等全身症状，女性患者可能累及宫颈等部位，男性患者可能出现尿道症状等。
二、复发性生殖器疱疹表现
复发性生殖器疱疹常发生在原发性生殖器疱疹治愈后1~4个月内，复发前局部多有前驱症状，如烧灼感、针刺感等，随后出现水疱，但其数目较原发性少，病程相对较短，全身症状也较轻，一般不出现发热等明显全身表现，局部疼痛等症状相对原发性较轻，但仍会给患者带来不适。
三、不同人群表现差异
（一）免疫功能低下人群
免疫功能低下者（如艾滋病患者、长期使用免疫抑制剂者等）患生殖器疱疹时，症状往往更严重且持续时间更长，水疱可能更大、更多，糜烂或溃疡面积更广，全身症状如高热等可能更明显，且复发频率可能更高，病情更难控制。
（二）妊娠期女性
妊娠期女性感染生殖器疱疹可能对胎儿产生不良影响，如在分娩时可能将病毒传染给新生儿，导致新生儿疱疹，同时妊娠期女性自身的症状可能因激素等变化而有所不同，发病时症状可能相对更显著，且需要特别关注对胎儿的影响及分娩方式的选择等问题。
（三）男性与女性差异
男性生殖器疱疹好发于龟头、冠状沟、阴茎体等部位；女性好发于大小阴唇、阴蒂、宫颈等部位，女性患者相对男性可能更易累及宫颈等内生殖器部位，且在月经前后等激素变化时复发可能更频繁。
