胃肠功能紊乱有消化系统和全身症状，消化系统症状包括腹痛（部位不固定、性质多样、进食后可变化）、腹胀（胃肠蠕动减慢致气体或食物积聚）、恶心呕吐（胃排空受影响致胃黏膜受刺激）、腹泻（胃肠蠕动快致肠道吸收受影响）或便秘（胃肠蠕动慢致粪便停留过久）；全身症状有乏力（营养吸收不良致能量供应不足）、精神心理症状（胃肠与神经关系密切致焦虑、抑郁、失眠等）。
腹痛：疼痛部位不固定，可为脐周、上腹部等，疼痛性质多样，如隐痛、胀痛、绞痛等。一般在进食后可能会加重或缓解，不同患者表现差异较大。例如，部分患者进食后食物刺激胃肠蠕动，引发腹痛，而休息一段时间后可能缓解。年龄较小的儿童可能无法准确表达腹痛部位，常表现为哭闹不安。
腹胀：患者自觉腹部胀满，外观可能可见腹部膨隆。多因胃肠蠕动减慢，气体或食物积聚在胃肠道内所致。比如，胃肠功能紊乱时，消化酶分泌异常，食物消化不完全，产生较多气体，导致腹胀。老年人胃肠功能本身较弱，更易出现腹胀情况。
恶心呕吐：可伴有或不伴有呕吐物，呕吐物多为胃内容物。这是由于胃肠功能紊乱影响了胃的排空功能，食物在胃内停留时间过长，刺激胃黏膜引起恶心呕吐。对于妊娠期女性，激素水平变化可能影响胃肠功能，更容易出现恶心呕吐的胃肠功能紊乱症状。
腹泻或便秘：
腹泻：大便次数增多，质地稀薄，可呈水样便等。是因为胃肠蠕动加快，肠道吸收功能受到影响，水分不能被充分吸收。例如，精神紧张等因素可能导致胃肠功能紊乱引发腹泻，儿童腹泻可能与饮食不洁、感染等多种因素相关，且腹泻严重时可能导致脱水等并发症。
便秘：大便干结，排便困难，排便次数减少。主要是胃肠蠕动减慢，粪便在肠道内停留时间过长，水分被过度吸收所致。老年人肠道蠕动功能减退，更容易发生便秘。
全身症状
乏力：患者感觉全身没有力气，精神状态较差。这与胃肠功能紊乱导致营养吸收不良，身体能量供应不足有关。长期胃肠功能紊乱的患者，由于营养物质不能很好地被吸收利用，会出现持续的乏力感。
精神心理症状：部分患者可出现焦虑、抑郁、失眠等精神心理表现。因为胃肠和神经系统关系密切，胃肠功能紊乱可能通过神经-内分泌-免疫调节网络影响中枢神经系统，导致精神心理方面的异常。比如，长期的胃肠不适会给患者带来心理压力，进而引发焦虑、抑郁情绪，而这些情绪又可能进一步加重胃肠功能紊乱，形成恶性循环。青少年在学习压力大等情况下，也容易出现胃肠功能紊乱伴随的精神心理症状。
