自身免疫性胰腺炎病因未完全明确，与免疫因素（T细胞介导免疫反应及B细胞相关抗体产生）、遗传因素（基因易感性）、环境因素（感染因素及其他环境刺激）相关，对不同人群需关注病情，避免诱发因素，目前无特异性预防措施，靠早期发现、诊断、治疗改善预后。
T细胞介导的免疫反应：自身免疫性胰腺炎中，机体的免疫系统出现异常，T细胞发挥了重要作用。例如，辅助性T细胞1（Th1）和辅助性T细胞2（Th2）的失衡可能参与其中。Th1细胞分泌的干扰素-γ等细胞因子可能促进炎症反应的持续，导致胰腺组织出现自身免疫性损伤。研究发现，自身免疫性胰腺炎患者胰腺组织中Th1相关细胞因子水平升高，引发胰腺间质纤维化等改变。
B细胞相关抗体产生：B细胞产生的自身抗体也可能参与自身免疫性胰腺炎的发病。一些自身抗体可能针对胰腺组织中的特定抗原，形成免疫复合物，沉积在胰腺组织中，激活补体系统，进一步加重炎症损伤。比如，有研究检测到自身免疫性胰腺炎患者体内存在针对胰腺腺泡细胞或导管细胞的自身抗体。
遗传因素
基因易感性：遗传因素在自身免疫性胰腺炎的发病中起到一定作用。某些基因的多态性可能增加个体患自身免疫性胰腺炎的风险。例如，人类白细胞抗原（HLA）基因区域的某些等位基因与自身免疫性胰腺炎的易感性相关。不同种族人群中，HLA基因的分布差异可能导致自身免疫性胰腺炎在不同种族中的发病率有所不同。有研究表明，特定HLA基因型的个体，其免疫系统对自身胰腺组织的识别和攻击更容易发生，从而增加了自身免疫性胰腺炎的发病几率。
环境因素
感染因素：某些感染可能触发自身免疫性胰腺炎。例如，幽门螺杆菌感染可能与自身免疫性胰腺炎存在关联。幽门螺杆菌感染后，其抗原可能与胰腺组织中的某些抗原具有相似性，引发交叉免疫反应，导致胰腺的自身免疫性损伤。研究发现，部分自身免疫性胰腺炎患者在感染幽门螺杆菌后，病情更容易发作或加重。但目前关于感染因素与自身免疫性胰腺炎的确切关联机制还需要进一步深入研究。
其他环境刺激：长期的不良生活方式等环境刺激也可能对自身免疫性胰腺炎的发病产生影响。例如，长期吸烟可能增加自身免疫性胰腺炎的发病风险，具体机制可能与吸烟导致机体免疫功能紊乱有关。另外，长期暴露于某些化学物质等环境因素也可能干扰机体的免疫平衡，从而诱发自身免疫性胰腺炎，但这些还需要更多的流行病学研究来证实。
对于自身免疫性胰腺炎患者，尤其是不同年龄、性别的人群，需要密切关注病情变化。在生活方式方面，要尽量避免可能的诱发因素，如戒烟等。对于有遗传易感性家族史的人群，应加强自身免疫相关监测，但目前尚无特异性的预防措施能完全杜绝自身免疫性胰腺炎的发生，主要还是依靠早期发现、早期诊断和早期治疗来改善预后。
