小孩脑积水的成因包括先天因素和后天因素。先天因素有神经管发育异常和遗传因素；后天因素包括感染（产前感染风疹病毒等、产后患脑膜炎等）、出血（产前脑室周围-脑室内出血等、产后产伤致颅内出血等）、肿瘤（颅咽管瘤等阻塞脑脊液循环通路）。
遗传因素：某些单基因遗传疾病可能与小孩脑积水的发生相关。比如，一些染色体异常疾病，如21-三体综合征（唐氏综合征），患儿除了有智力发育迟缓、特殊面容等典型表现外，也常伴有脑积水的情况，这是由于遗传物质的异常导致脑部发育过程中脑脊液循环相关的结构或功能出现异常。
后天因素
感染
产前感染：母亲在妊娠期感染风疹病毒、巨细胞病毒等病原体，这些病毒可通过胎盘感染胎儿，影响胎儿脑部的正常发育，导致脑脊液循环受阻，进而引发脑积水。例如，妊娠期母亲感染风疹病毒后，胎儿发生神经系统畸形的风险增加，其中就包括脑积水。
产后感染：小孩出生后患有脑膜炎等中枢神经系统感染性疾病，炎症会导致脑脊液的吸收障碍或循环通路梗阻。例如，细菌感染引起的化脓性脑膜炎，炎症渗出物会粘连阻塞蛛网膜颗粒等脑脊液吸收结构，使脑脊液吸收减少，从而导致脑室系统扩大，形成脑积水。
出血
产前出血：胎儿在宫内发生颅内出血，如脑室周围-脑室内出血，血液会积聚在脑室内或刺激脑组织引起炎症反应，影响脑脊液的正常循环。多见于早产婴儿，由于其脑血管发育不完善，在宫内缺氧等因素影响下易发生出血，进而导致脑积水。
产后出血：新生儿产伤等原因引起颅内出血，如硬膜下出血等，血液积聚在颅内会压迫脑组织，阻碍脑脊液的循环通路，导致脑积水。例如，产程中胎儿头部受到过度挤压等情况可能导致硬膜下出血，若出血未及时吸收，就可能引发脑积水。
肿瘤：颅内肿瘤可阻塞脑脊液循环通路，导致脑积水。儿童常见的颅内肿瘤如颅咽管瘤、室管膜瘤等，肿瘤生长会占据脑脊液循环的通道，使脑脊液的流动受阻，引起脑室系统扩张。例如，颅咽管瘤多发生在鞍区及第三脑室周围，可阻塞第三脑室出口，导致梗阻性脑积水。
