宫颈妊娠确切病因未完全明确，可能与子宫内膜损伤或病变（多次人工流产、宫腔手术史致子宫内膜损伤病变）、受精卵运行异常（输卵管功能异常、子宫形态异常致受精卵运行受阻或着床位置改变）、激素水平因素（hCG水平异常、雌激素水平影响）、其他因素（辅助生殖技术、年龄因素、吸烟等不良生活方式致宫颈妊娠风险增加）相关。
子宫内膜损伤或病变
人工流产史：多次人工流产会损伤子宫内膜，使子宫内膜变薄，受精卵着床时为了获取足够的营养，可能会向宫颈部位迁移着床。有研究表明，既往人工流产次数越多，发生宫颈妊娠的风险越高。例如，有过3次及以上人工流产史的女性，宫颈妊娠的发生率明显高于无人工流产史的女性。
宫腔手术史：除了人工流产，其他宫腔手术如诊断性刮宫等，也可能导致子宫内膜损伤和宫腔粘连等病变，影响受精卵的正常着床位置，增加宫颈妊娠的发生几率。
受精卵运行异常
输卵管功能异常：输卵管炎症等疾病可影响输卵管的蠕动和拾卵功能，导致受精卵运行速度减慢，使得受精卵在到达宫腔之前就具备了着床能力，从而可能着床在宫颈部位。例如，输卵管炎患者由于输卵管黏膜充血、水肿，纤毛运动受损，受精卵运行受阻，宫颈妊娠的发生率较正常人群升高。
子宫形态异常：先天性子宫畸形如双子宫、纵隔子宫等，会影响宫腔的正常形态和内环境，使得受精卵着床位置发生改变，容易着床在宫颈。有研究发现，患有双子宫的女性宫颈妊娠的发生率高于正常子宫形态的女性。
激素水平因素
绒毛膜促性腺激素（hCG）水平异常：正常妊娠时，hCG会呈现规律的上升变化，以维持妊娠的正常进行。而在宫颈妊娠中，可能存在hCG分泌异常，影响了蜕膜的形成和受精卵的正常着床位置。例如，宫颈妊娠时hCG的水平可能与正常宫内妊娠不同步，导致受精卵在宫颈着床。
雌激素水平影响：雌激素对子宫内膜和宫颈的发育有重要作用。过高的雌激素水平可能会促使宫颈部位的血管增生和组织变化，有利于受精卵在宫颈着床。比如，某些内分泌失调导致雌激素水平异常升高的情况，可能增加宫颈妊娠的发生风险。
其他因素
辅助生殖技术：随着辅助生殖技术的广泛应用，宫颈妊娠的发生率有一定程度的上升。这可能与胚胎移植过程中胚胎着床位置的选择、子宫环境的改变等因素有关。例如，胚胎移植时胚胎放置的位置、子宫对胚胎的接受性等，都可能影响受精卵的着床位置，导致宫颈妊娠的发生。
年龄因素：一般来说，年龄较大的女性发生宫颈妊娠的风险相对较高。这可能与随着年龄增长，子宫内膜的容受性、激素水平等发生变化有关。例如，35岁以上的女性宫颈妊娠的发生率较年轻女性有所增加。
吸烟等不良生活方式：吸烟可能会影响血管的舒缩功能，进而影响子宫和宫颈的血液循环，不利于受精卵的正常着床，增加宫颈妊娠的发生几率。有研究显示，吸烟女性宫颈妊娠的发生率高于不吸烟女性。
