脑干损伤可导致多种后遗症，包括意识障碍（涉及植物状态等及不同年龄影响差异）、运动功能障碍（肢体瘫痪及共济失调等不同表现及不同年龄恢复情况）、颅神经功能障碍（眼球运动障碍、吞咽障碍等及不同年龄影响）、呼吸循环功能障碍后遗症（呼吸节律异常、心血管功能紊乱等及不同年龄影响）、其他后遗症（认知障碍、二便失禁等及不同年龄影响）。
运动功能障碍
肢体瘫痪：脑干损伤可能累及双侧皮质脊髓束等运动传导通路相关结构，导致肢体不同程度的瘫痪，常见为痉挛性瘫痪或弛缓性瘫痪。痉挛性瘫痪表现为肌张力增高、腱反射亢进等，是由于上运动神经元损伤后对下运动神经元的抑制作用减弱所致；弛缓性瘫痪则是下运动神经元直接受损，出现肌肉松弛、腱反射减弱或消失等。在成年患者中，脑干损伤后肢体瘫痪的恢复情况与损伤的严重程度密切相关，轻度损伤可能在康复治疗后有一定程度恢复，而重度损伤可能长期遗留严重瘫痪。对于儿童患者，由于其具有一定的神经可塑性，部分患儿在早期积极康复干预下可能获得更好的运动功能恢复，但如果是严重的脑干损伤导致的广泛运动传导通路损伤，儿童的恢复也可能受到限制，且不同年龄儿童恢复潜力不同，幼儿相对婴儿神经可塑性稍强，但仍需早期、系统的康复训练。
共济失调：脑干内的前庭核等结构与共济运动相关，脑干损伤可能引起共济失调，表现为平衡障碍、协调运动困难等。例如患者行走时步态不稳，动作协调不能完成精细动作等。其发生机制是脑干内参与维持平衡和协调运动的神经核团及纤维束受损，影响了神经冲动的传导和协调功能。在老年患者中，脑干损伤后共济失调的恢复可能相对较慢，因为老年患者的神经修复能力下降，而年轻患者相对恢复潜力较大，但都需要康复治疗来改善共济运动功能。
颅神经功能障碍
眼球运动障碍：脑干内有动眼神经、滑车神经、外展神经等颅神经核及神经纤维走行，脑干损伤常导致眼球运动障碍，如眼球不能正常转动、复视等。动眼神经损伤可出现上睑下垂、瞳孔散大、眼球向外下斜视等；滑车神经损伤可导致眼球向下向外运动受限；外展神经损伤则表现为眼球不能向外转动等。对于不同年龄患者，眼球运动障碍的影响有所不同，儿童患者如果出现眼球运动障碍可能影响其视觉发育和空间感知能力的发展，需要及时评估和干预，而成年患者可能影响其日常的视觉功能和活动能力。
吞咽障碍：脑干内的吞咽中枢及相关神经纤维受损可引起吞咽障碍，表现为吞咽困难、饮水呛咳等。吞咽障碍可导致患者营养摄入不足、吸入性肺炎等并发症。在老年患者中，本身可能存在一些基础疾病，脑干损伤后吞咽障碍更容易引发严重的并发症，如肺炎等，需要特别注意营养支持和呼吸道管理；儿童患者吞咽障碍可能影响其正常进食和生长发育，需要通过鼻饲等方式保证营养摄入，同时进行吞咽功能的康复训练。
呼吸循环功能障碍后遗症
呼吸节律异常：脑干是呼吸中枢所在部位，脑干损伤后常出现呼吸节律异常，如潮式呼吸、抽泣样呼吸等。呼吸中枢受损导致呼吸的节律和深度不能正常调节，其发生是由于脑干内呼吸相关神经核团及神经通路受损，影响了呼吸中枢对呼吸肌的调控。对于患者的生命维持至关重要，长期呼吸节律异常的患者需要依赖呼吸机等辅助设备维持呼吸，不同年龄患者都面临着因呼吸节律异常导致的生命风险，儿童患者由于呼吸功能相对脆弱，呼吸节律异常的影响更为严重，需要密切监测呼吸功能并给予相应支持。
心血管功能紊乱：脑干内的心血管中枢受损可引起心血管功能紊乱，表现为血压波动、心率失常等。例如可能出现血压不稳定，过高或过低；心率过快或过慢等情况。心血管功能紊乱的机制是脑干内心血管调节相关神经结构受损，影响了对心血管系统的神经调节。老年患者本身心血管系统功能相对较弱，脑干损伤后心血管功能紊乱可能加重病情，增加心血管事件的发生风险；儿童患者心血管系统处于发育阶段，脑干损伤导致的心血管功能紊乱可能影响其心血管系统的正常发育和功能维持，需要密切关注心血管指标并进行相应的支持治疗。
其他后遗症
认知障碍：部分脑干损伤患者可能出现认知障碍，包括注意力不集中、记忆力减退、执行功能障碍等。认知障碍的发生与脑干损伤影响了与认知相关的神经结构和神经通路有关，例如脑干与大脑皮层之间的纤维联系受损可能影响认知功能的整合。不同年龄患者认知障碍的表现和影响不同，儿童患者可能影响其学习和智力发育，成年患者则影响其日常生活和工作能力，需要进行认知功能评估并给予相应的康复训练来改善认知状况。
二便失禁：脑干损伤可能影响自主神经功能，导致二便失禁。自主神经相关的神经通路受损，影响了对膀胱和直肠的控制功能所致。对于患者的生活质量影响较大，需要进行相应的护理和康复措施来改善二便控制功能，不同年龄患者都需要关注二便失禁带来的生活不便和卫生问题，儿童患者还可能影响其心理发育，需要给予更多的关怀和适当的护理干预。
