胎儿心脏发育异常受遗传因素（染色体异常、基因异常）、环境因素（孕妇感染、接触有害物质、不良生活方式）及其他因素（孕妇基础疾病、多胎妊娠）影响，如21-三体等综合征伴心畸形，风疹等病毒感染、接触放射性等物质、吸烟饮酒等致心发育异，糖尿病等基础病、多胎妊娠也增心异常风险。
环境因素
孕妇感染：孕期尤其是妊娠早期感染某些病毒，如风疹病毒，孕妇在妊娠早期感染风疹病毒后，胎儿患先天性心脏病的风险显著增加，风疹病毒可干扰心脏胚胎发育过程中的细胞分化、增殖和组织器官的形成，导致心脏瓣膜发育异常、间隔缺损等多种心脏畸形；巨细胞病毒感染也可能影响胎儿心脏发育，引起心脏结构异常。
孕妇接触有害物质：孕妇长期接触放射性物质，如在没有做好防护措施的情况下接触X射线等，会增加胎儿心脏发育异常的几率，因为放射性物质可损伤胎儿的细胞，影响心脏发育相关的细胞代谢和分化；孕妇接触某些化学物质，如铅、汞等重金属，也可能通过胎盘影响胎儿心脏的正常发育，干扰心脏发育过程中的关键信号通路和基因表达。
孕妇不良生活方式：孕妇过量吸烟饮酒，吸烟产生的尼古丁等有害物质以及酒精都会通过胎盘影响胎儿，吸烟孕妇的胎儿发生心脏畸形的风险比不吸烟孕妇高，酒精可导致胎儿酒精综合征，其中心脏畸形是常见表现之一，如室间隔缺损、心脏传导系统异常等；孕妇孕期缺乏合理的营养摄入，尤其是缺乏叶酸，叶酸缺乏会影响心脏发育过程中的神经管闭合等相关过程，增加胎儿发生心脏间隔缺损等畸形的可能性。
其他因素
孕妇基础疾病：孕妇患有糖尿病，尤其是未控制良好的糖尿病，妊娠糖尿病患者的胎儿发生先天性心脏病的风险升高，高血糖环境可影响胎儿心脏的血管生成、心肌细胞分化等过程，导致心脏结构异常；孕妇患有自身免疫性疾病，如系统性红斑狼疮，疾病相关的自身抗体等因素可能通过胎盘影响胎儿心脏发育，增加心脏畸形的发生风险。
多胎妊娠：多胎妊娠时，子宫内空间相对狭窄，胎儿之间相互影响，胎盘血液循环相对复杂，胎儿发生心脏发育异常的几率比单胎妊娠高，可能与多胎妊娠时胎盘血流灌注不均衡、激素水平变化等多种因素有关。
