疱疹性咽峡炎多发生于儿童，自愈过程先是初期出现发热、咽部不适及有疱疹，接着疱疹破溃进入发展阶段，约1周左右进入恢复期症状消失，但有再次感染可能，有基础疾病患儿需密切关注病情，自愈中要注意休息、通风、饮食等。
1.初期症状阶段
发热：多数患儿会突然出现发热，体温可高达39℃甚至更高，发热一般会持续2-4天左右。不同年龄的患儿对发热的耐受和反应可能不同，比如婴幼儿可能因发热出现哭闹不安、食欲减退等情况，而年长儿可能能较清楚表达身体不适。
咽部不适：患儿开始感到咽部疼痛，尤其是在吞咽时，可能会出现流涎、拒食等表现。此时咽部可见充血，软腭、悬雍垂、扁桃体及周边黏膜上会出现灰白色小疱疹，周围绕以红晕，一般疱疹数量不等。
2.疱疹发展阶段
疱疹破溃：发热1-2天后，疱疹会逐渐破溃形成溃疡，溃疡表面有黄白色渗出物，周围黏膜红肿更加明显。这个阶段患儿咽部疼痛会进一步加重，对进食等活动的影响更显著。对于不同年龄患儿，如新生儿由于免疫系统发育不完善，若感染疱疹性咽峡炎出现疱疹破溃情况，需要更加密切观察，因为其可能出现病情变化较快的情况；而较大儿童相对能更好地配合治疗和护理。
病程进展：一般在发病后的3-7天内，溃疡会逐渐愈合，体温也会逐渐恢复正常。在这个过程中，患儿的全身症状，如乏力等也会逐渐减轻。
3.恢复期
症状消失：经过大约1周左右的时间，患儿咽部的溃疡完全愈合，发热等全身症状彻底消失，食欲恢复，精神状态也逐渐恢复到病前水平。但需要注意的是，肠道病毒感染后，机体虽然能产生抗体，但不同肠道病毒型别之间无交叉免疫，所以患儿仍有再次感染其他型别肠道病毒而发病的可能。对于有基础疾病的患儿，如先天性心脏病、免疫缺陷病等，自愈过程中要密切关注病情变化，因为这类患儿感染疱疹性咽峡炎后可能出现病情加重的情况，需要及时就医评估。
在疱疹性咽峡炎自愈过程中，要注意让患儿多休息，保持室内空气流通，给予清淡、易消化的饮食，多喝水，以缓解咽部不适。对于发热的患儿，要根据其年龄等情况采取合适的降温措施，如物理降温等，但需避免不恰当的退热处理对患儿造成不良影响。
