小儿α-地中海贫血由珠蛋白基因缺失或突变所致，基因缺失包括东南亚缺失型等，非缺失型有点突变等影响基因表达，是常染色体隐性遗传病，父母双方为携带者时子代有相应发病概率，不同类型患儿发病年龄及症状表现不同，健康生活方式对患儿病情管理重要，有家族史家庭生育前应遗传咨询和基因检测以减少重型患儿出生。
基因缺失
东南亚缺失型：常见的是--SEA缺失，即一条16号染色体上的α珠蛋白基因簇大部分缺失，另一条染色体上的α珠蛋白基因也可能存在不同程度的异常。这种缺失会严重影响α珠蛋白链的合成，导致α-地中海贫血的发生。例如，在东南亚地区高发的α-地中海贫血，很多患儿就是由于--SEA缺失引起的。
非缺失型：一些点突变等情况也会影响α珠蛋白基因的表达。比如α珠蛋白基因的启动子区域发生突变，会影响基因的转录过程，使得α珠蛋白链的合成量减少。这些基因突变可以是遗传自父母，父母双方如果携带相关的α珠蛋白基因突变基因，就有可能将突变基因传递给子代，导致小儿发病。
遗传因素
小儿α-地中海贫血是常染色体隐性遗传病。如果父母双方都是α-地中海贫血基因携带者，即双方都携带至少一个异常的α珠蛋白基因，那么他们的子代有25%的概率是重型α-地中海贫血患儿，50%的概率是轻型或中间型携带者，25%的概率是正常的。例如，父母双方均为α珠蛋白基因携带者（如一方为--SEA/αα，另一方为αα/α-），他们生育子女时，不同基因组合的概率就会出现上述情况。
从年龄角度来看，小儿从胚胎期就开始合成珠蛋白链，α-地中海贫血的发生与不同发育阶段珠蛋白基因的表达异常相关。在胎儿期，α珠蛋白链合成减少会影响胎儿血红蛋白的组成，导致胎儿水肿等严重情况，重型α-地中海贫血患儿在胎儿期或新生儿早期就会出现明显的症状，如严重贫血、肝脾肿大、水肿等。而对于轻型或中间型的患儿，可能在婴幼儿期或儿童期才逐渐表现出一些贫血相关的症状，如面色苍白、生长发育迟缓等，但由于病情相对较轻，可能容易被忽视，直到出现较明显的临床症状才被发现。在生活方式方面，目前没有直接证据表明生活方式会直接导致小儿α-地中海贫血的发生，但健康的生活方式对于患儿的病情管理很重要，比如合理的营养支持有助于改善患儿的营养状况，促进生长发育。对于有α-地中海贫血家族史的家庭，在生育前应进行遗传咨询和基因检测，以便早期发现可能存在的风险，采取相应的措施，如产前诊断等，减少重型患儿的出生。
