胚胎停育受多种因素影响，遗传因素中父母染色体异常可致胚胎染色体异常，母体因素包含内分泌异常（黄体功能不全、甲状腺功能异常）、子宫异常（解剖结构异常、子宫内膜病变）、免疫因素（自身免疫性疾病、同种免疫异常），父亲因素有精子质量问题，环境因素包括化学物质接触和辐射暴露，这些因素均会增加胚胎停育风险。
母体因素
内分泌异常
黄体功能不全：黄体分泌的孕酮等激素对维持妊娠至关重要。如果黄体功能不全，孕酮分泌不足，不能为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，就容易导致胚胎停育。有研究表明，黄体功能不全的女性胚胎停育的发生率比正常女性高很多。例如多囊卵巢综合征患者，常存在内分泌紊乱，黄体功能往往不足。
甲状腺功能异常：甲状腺激素参与机体的新陈代谢等多种生理过程，与胚胎的生长发育密切相关。甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响胚胎的神经发育等；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也可能干扰胚胎的正常发育，增加胚胎停育的风险。临床数据显示，甲状腺功能异常的孕妇胚胎停育发生率较正常孕妇高。
子宫异常
子宫解剖结构异常：如子宫畸形（单角子宫、双角子宫、纵隔子宫等），子宫的形态异常会影响胚胎的着床和生长空间。纵隔子宫会使宫腔容积减小，胚胎着床后空间受限，不利于其正常发育；单角子宫仅有一侧输卵管和卵巢，宫腔环境相对狭窄，也容易导致胚胎停育。
子宫内膜病变：子宫内膜炎会影响子宫内膜的容受性，炎症细胞和炎症介质可能损伤胚胎着床的内膜环境；子宫内膜息肉会占据宫腔内空间，干扰胚胎着床；宫腔粘连会使子宫内膜面积减少，血供不足，影响胚胎的种植和发育，这些情况都与胚胎停育相关。
免疫因素
自身免疫性疾病：如系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病，患者体内存在自身抗体，这些抗体可能攻击胚胎组织，导致胚胎停育。研究发现，患有自身免疫性疾病的孕妇胚胎停育的发生率明显高于健康孕妇。
同种免疫异常：母-胎免疫耐受失衡时，母体免疫系统将胚胎视为“异物”进行攻击，从而引发胚胎停育。例如封闭抗体缺乏，封闭抗体可以抑制母体免疫系统对胚胎的排斥反应，当封闭抗体缺乏时，这种免疫耐受被打破，增加了胚胎停育的风险。
父亲因素
精子质量问题：精子染色体异常、精子畸形率过高或精子DNA碎片率增加等都会影响胚胎的质量。有研究表明，精子DNA碎片率高的男性，其配偶胚胎停育的发生率升高。男性不良生活方式，如长期吸烟、酗酒、接触放射性物质或有毒化学物质等，会损害精子质量，增加胚胎停育的可能性。
环境因素
化学物质接触：孕妇长期接触铅、汞、苯、甲醛等化学物质，这些化学物质可能通过胎盘影响胚胎的发育，导致胚胎停育。例如在一些化工行业工作的女性，长期接触有害化学物质，胚胎停育的风险明显增加。
辐射暴露：过度接触电离辐射，如孕妇在不知情的情况下进行了腹部X线检查等，辐射可能会损伤胚胎的细胞结构和遗传物质，引起胚胎停育。
