怀孕两个月胚胎停育的原因包括胚胎染色体异常（如数目或结构异常，与父母生殖细胞减数分裂差错、年龄等有关）、母体因素（内分泌因素如黄体功能不全、甲状腺功能异常，感染因素如病毒感染，免疫因素如自身或同种免疫异常，子宫异常如畸形、子宫肌瘤）、父亲因素（精子质量异常及男性不良生活方式影响）、环境因素（化学物质接触、辐射暴露等干扰胚胎发育致停育）。
母体因素
内分泌因素
黄体功能不全：黄体分泌的孕酮对维持妊娠至关重要，若黄体功能不全，孕酮分泌不足，不能为胚胎着床和发育提供良好的子宫内环境，就容易导致胚胎停育。研究表明，约有一定比例的胚胎停育与黄体功能不全相关，通过检测孕激素水平等可以辅助判断。
甲状腺功能异常：甲状腺激素对胚胎的生长发育起着重要的调节作用。甲状腺功能减退时，机体代谢率降低，会影响胚胎的生长发育进程；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也可能干扰胚胎的正常发育，增加胚胎停育的风险。通过甲状腺功能检查可以明确甲状腺的功能状态。
感染因素：孕期发生某些病毒感染，如风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等，病毒可通过胎盘影响胚胎，导致胚胎发育异常甚至停育。例如，孕妇在怀孕早期感染风疹病毒，约有一定概率会引起胚胎停育、流产或导致胎儿畸形等不良妊娠结局。
免疫因素：自身免疫性疾病或同种免疫异常可能导致胚胎停育。自身免疫性疾病如系统性红斑狼疮等，患者体内存在自身抗体，可攻击胚胎组织；同种免疫异常则是母体对胚胎产生免疫排斥反应，使得胚胎不能正常着床和发育。通过免疫相关指标的检测可以辅助诊断此类因素。
子宫异常
子宫畸形：如纵隔子宫、双角子宫等子宫畸形情况，会影响子宫的正常形态和宫腔内环境，胚胎着床后难以获得充足的营养供应和合适的生长空间，从而增加胚胎停育的风险。通过子宫超声造影等检查可以明确子宫的形态结构。
子宫肌瘤：较大的子宫肌瘤可能会影响子宫的血供，或者占据宫腔空间，对胚胎的生长发育造成不利影响，尤其是黏膜下子宫肌瘤，对胚胎的影响相对更明显。通过超声等检查可发现子宫肌瘤的情况。
父亲因素
男性精子质量异常也与胚胎停育有关。精子染色体异常、精子活力低下、精子畸形率高等情况，都会降低受孕的质量，增加胚胎停育的可能性。例如，精子染色体异常可能传递给胚胎，导致胚胎发育异常。男性的生活方式因素，如长期吸烟、酗酒、接触放射性物质或有毒化学物质等，都可能影响精子质量，进而影响胚胎的正常发育。
环境因素
化学物质接触：孕妇接触某些有害化学物质，如苯、甲醛、农药等，这些化学物质可能通过呼吸道、皮肤等途径进入体内，干扰胚胎的正常发育过程，增加胚胎停育的风险。例如，在一些化工环境中工作的孕妇，长期接触相关化学物质，胚胎停育的发生率可能会升高。
辐射暴露：过量的辐射暴露，如接受X线检查、长时间处于辐射环境中等，辐射可能会损伤胚胎的细胞结构和遗传物质，导致胚胎停育。孕妇应尽量避免不必要的辐射接触。
