子宫内膜薄的原因包括内分泌失调（年龄因素致卵巢功能衰退、疾病干扰激素分泌）、子宫内膜损伤（宫腔操作史如人工流产、清宫手术及宫腔手术破坏内膜）、感染因素（宫腔感染影响内膜功能）、遗传因素（某些遗传因素致子宫及内膜发育异常）、生活方式因素（过度减肥致雌激素合成减少、吸烟影响血供和内分泌）。
一、内分泌失调
年龄因素：女性随着年龄增长，尤其是35岁以后，卵巢功能逐渐衰退，雌激素分泌减少，而雌激素对子宫内膜的生长起着关键作用，雌激素水平下降会导致子宫内膜变薄。例如，有研究表明，育龄期女性中，35岁以上人群卵巢储备功能下降的比例明显升高，进而影响子宫内膜厚度。
疾病影响：一些内分泌疾病会干扰激素的正常分泌，从而影响子宫内膜。如多囊卵巢综合征，患者体内雄激素水平升高，胰岛素抵抗，导致下丘脑-垂体-卵巢轴调节紊乱，雌激素相对不足，子宫内膜增殖受限；甲状腺功能减退症患者，甲状腺激素分泌减少，会影响机体的代谢和内分泌功能，进而影响子宫内膜的生长。
二、子宫内膜损伤
宫腔操作史
人工流产：多次人工流产是导致子宫内膜薄的常见原因之一。人工流产时，刮宫操作可能会损伤子宫内膜基底层，基底层受损后，子宫内膜的再生能力减弱，导致子宫内膜变薄。据统计，有过两次及以上人工流产史的女性，子宫内膜薄的发生率显著高于无人工流产史的女性。而且，流产后如果发生宫腔感染，会进一步加重子宫内膜的损伤。
清宫手术：除了人工流产，产后或药物流产后清宫手术也可能损伤子宫内膜。例如，产后胎盘、胎膜残留需要清宫，手术过程中对子宫内膜的机械性损伤可能导致内膜变薄。
宫腔手术：子宫肌瘤剔除术、子宫纵隔切除术等宫腔内手术，在手术过程中可能会破坏子宫内膜的正常结构和血供，影响子宫内膜的生长。例如，子宫肌瘤剔除术时，剔除肌瘤的创面可能会影响子宫内膜的修复和增殖。
三、感染因素
宫腔感染：子宫内膜炎等宫腔感染性疾病会影响子宫内膜的正常功能。病原体感染子宫内膜后，会引起炎症反应，炎症因子会抑制子宫内膜的增殖，导致子宫内膜变薄。例如，不洁性生活、经期卫生不良等因素可能导致细菌等病原体侵入宫腔，引发子宫内膜炎。对于育龄期女性，尤其是有多个性伴侣或经期不注意卫生的女性，宫腔感染的风险较高。
四、遗传因素
某些遗传因素可能影响子宫内膜的发育和功能。例如，一些先天性子宫发育异常的情况，如子宫畸形，可能同时伴有子宫内膜薄的问题。虽然遗传因素导致子宫内膜薄的具体机制尚不完全明确，但遗传物质的异常可能从胚胎发育时期就影响了子宫及子宫内膜的正常形成。
五、生活方式因素
过度减肥：长期过度节食减肥的女性，由于营养摄入不足，尤其是蛋白质、脂肪等营养物质缺乏，会影响激素的合成和分泌。雌激素是由脂肪组织中的胆固醇转化而来的，过度减肥导致脂肪含量过低，会使雌激素合成减少，进而影响子宫内膜的生长，导致子宫内膜变薄。
吸烟：吸烟会影响血管的收缩和舒张功能，减少子宫动脉的血流，从而影响子宫内膜的血供。研究发现，吸烟女性的子宫内膜厚度明显低于不吸烟女性。而且，吸烟还可能影响内分泌系统，进一步干扰子宫内膜的正常生理过程。
