新生儿肠套叠有典型症状（腹痛、呕吐、血便、腹部包块）和非典型症状（精神萎靡、嗜睡），早产儿症状不典型，足月儿症状相对典型，需与坏死性小肠结肠炎、细菌性痢疾等疾病鉴别，坏死性小肠结肠炎有高危因素及特定腹部X线表现，细菌性痢疾有不洁饮食史及大便常规特征。
一、典型症状
1.腹痛
新生儿无法用语言表达，主要表现为突然发作的剧烈哭闹，面色苍白，双腿向上蜷起，持续数分钟后可缓解，间隔数分钟后又反复发作。这是由于肠套叠导致肠管痉挛引起的疼痛，因为新生儿肠道神经发育尚不完善，但对肠管的痉挛刺激较为敏感，所以会以剧烈哭闹为主要表现。
2.呕吐
多在腹痛发作后不久出现，初期为胃内容物，随后可含有胆汁，严重时可呕吐粪便样液体。这是因为肠套叠造成肠道梗阻，使得近端肠内容物无法顺利通过，逆蠕动导致呕吐，新生儿的消化系统功能相对较弱，肠道梗阻后更容易出现呕吐症状。
3.血便
一般在发病后6-12小时出现，典型表现为果酱样血便，这是由于肠套叠处肠壁血运障碍，黏膜坏死出血与肠液混合而成。新生儿的肠道黏膜比较脆弱，肠套叠时更容易出现黏膜的损伤出血。
4.腹部包块
腹部可触及腊肠样、表面光滑、稍可活动的包块，多位于右上腹季肋下，其次为脐周或下腹。这是因为套叠的肠管形成肿块，新生儿的腹部相对柔软，更容易触摸到这种包块，但需要注意检查时要轻柔，避免加重患儿不适。
二、非典型症状
1.精神萎靡
随着病情进展，新生儿可能出现精神不振、反应差等表现。这是因为肠道梗阻导致机体处于应激状态，能量消耗增加，并且可能出现水电解质紊乱等情况，影响新生儿的整体状态，由于新生儿的机体代偿能力相对较弱，所以更容易出现精神方面的改变。
2.嗜睡
严重的肠套叠可能导致新生儿出现嗜睡症状，这是因为肠道梗阻引起的全身代谢紊乱以及可能存在的毒素吸收等因素影响了神经系统功能，新生儿的神经系统对这些异常变化更为敏感，所以可能表现为嗜睡。
三、不同年龄段新生儿的表现差异
1.早产儿
早产儿由于各器官发育更不成熟，肠套叠时症状可能不典型。腹痛表现可能不如足月儿剧烈哭闹明显，血便出现时间可能较晚，腹部包块也可能较难触及。这是因为早产儿的神经反应、肠道功能等都比足月儿更不完善，所以症状表现不典型，需要医护人员更加仔细地观察和评估。
2.足月儿
足月儿相对早产儿症状表现更接近典型表现，但也存在个体差异。一般来说，足月儿在肠套叠发生后，腹痛引起的剧烈哭闹、呕吐、血便等症状出现相对较典型，但也需要根据具体情况进行判断，因为每个足月儿的身体状况和对疾病的反应不同。
四、与其他疾病的鉴别要点
1.坏死性小肠结肠炎
坏死性小肠结肠炎也可出现腹胀、呕吐、血便等症状，但坏死性小肠结肠炎多有早产、感染、窒息等高危因素，腹部X线表现有肠壁积气、门静脉积气等特征，而肠套叠的腹部X线表现有杯口状阴影等不同表现。新生儿如果有高危因素出现相关症状时，需要通过详细的病史询问、体格检查和辅助检查来鉴别两者。
2.细菌性痢疾
细菌性痢疾也会有腹泻、血便等表现，但细菌性痢疾多有不洁饮食史，大便常规可见大量脓细胞、红细胞和巨噬细胞，而肠套叠的大便常规主要是果酱样血便，通过大便常规检查以及病史等可以进行鉴别。新生儿感染细菌性痢疾相对较少，但如果有相关接触史等情况也需要考虑鉴别。
