咽峡炎可由病毒或细菌感染引起，病毒包括柯萨奇病毒、埃可病毒、腺病毒等，细菌有A组乙型溶血性链球菌、葡萄球菌、肺炎链球菌等，免疫力低下人群及长期处于拥挤通风不良环境或寒冷天气的人易患咽峡炎。
埃可病毒：也是肠道病毒的一种，同样可导致咽峡炎。埃可病毒的传播方式与柯萨奇病毒类似，通过粪-口和呼吸道飞沫传播。不同年龄阶段的人群都可能感染，但儿童感染后引发咽峡炎的情况较为常见，其发病机制是病毒侵入咽部组织，在局部增殖，引起炎症反应。
腺病毒：某些血清型的腺病毒可引起咽峡炎，如腺病毒3型、4型、7型等。腺病毒感染可以通过空气飞沫、接触被污染的物品等途径传播。在学校、军队等人群密集场所易造成暴发流行。对于儿童来说，腺病毒感染引发的咽峡炎可能导致较为明显的咽部症状，如咽部充血、疱疹或溃疡等。
细菌感染
A组乙型溶血性链球菌：是引起咽峡炎的重要细菌病原体之一。该细菌可产生多种毒素和酶，如链球菌溶血素、透明质酸酶等。其传播途径主要是通过飞沫传播，也可通过皮肤伤口感染。儿童和青少年相对更容易感染A组乙型溶血性链球菌，感染后可引发急性咽峡炎，表现为咽部剧烈疼痛、吞咽困难，咽部黏膜弥漫性充血，可见脓性分泌物等。如果不及时治疗，可能会引发风湿热、肾小球肾炎等并发症。
葡萄球菌：金黄色葡萄球菌等葡萄球菌可引起咽峡炎。葡萄球菌可以通过皮肤伤口、呼吸道等途径侵入咽部。当人体抵抗力下降时，如儿童患有营养不良、免疫力低下等情况时，更容易受到葡萄球菌的侵袭，导致咽部出现炎症反应，表现为咽部红肿、疼痛等症状。
肺炎链球菌：偶尔也可引起咽峡炎。肺炎链球菌通常存在于人的鼻咽部，当人体免疫力降低时，可趁机侵入咽部引发感染。儿童，尤其是婴幼儿，由于免疫系统尚未完全发育成熟，感染肺炎链球菌后引发咽峡炎的风险相对较高，可出现咽部充血、发热等症状。
其他因素
免疫力低下：儿童的免疫系统尚处于发育阶段，相对于成年人来说免疫力较低，更容易受到各种病原体的侵袭而引发咽峡炎。例如，早产儿、患有先天性免疫缺陷病的儿童，其免疫力明显低于正常儿童，患咽峡炎的概率更高，且病情可能更为严重，恢复时间也更长。老年人由于身体机能衰退，免疫力逐渐下降，也容易受到病毒和细菌的感染而发生咽峡炎。此外，患有某些慢性疾病，如糖尿病、艾滋病等的患者，其免疫力受到疾病本身或治疗药物的影响，免疫力低下，也是咽峡炎的易感人群。
环境因素：长期处于拥挤、通风不良的环境中，会增加病原体传播的几率，从而容易引发咽峡炎。例如，在冬季，很多人会待在室内，室内空气不流通，若有患者患有咽峡炎，其呼出的含有病原体的飞沫会在室内积聚，其他人吸入后就容易被感染。另外，寒冷的天气可能会使人体呼吸道黏膜的抵抗力下降，更容易让病原体侵入引发炎症。例如，儿童在寒冷天气中没有做好保暖措施，长时间在户外玩耍后，呼吸道黏膜受到寒冷刺激，防御功能降低，容易感染病毒或细菌而患咽峡炎。
