小儿肾积水的病因包括先天性和后天性因素。先天性因素有肾盂输尿管连接部梗阻（如解剖结构异常、存在瓣膜等）和膀胱输尿管反流（抗反流机制发育不全）；后天性因素包括尿路感染（炎症致狭窄、加重反流）、结石（原发或继发）、腹部外在压迫（肿瘤或血管压迫输尿管致尿液排出受阻）。
一、先天性因素
（一）肾盂输尿管连接部梗阻（PUJO）
1.解剖结构异常：胎儿时期肾盂输尿管连接部的肌肉、神经发育异常是常见原因。例如，该部位的肌纤维发育不良，导致输尿管蠕动功能障碍，尿液从肾盂流向输尿管受阻，引起肾积水。这种情况在男婴中相对更常见，可能与胚胎发育过程中的激素等因素影响有关。
2.瓣膜、息肉或膜状物：肾盂输尿管连接部存在瓣膜样结构、息肉或膜状物，会阻碍尿液的正常通过。这些先天性的异常结构会像障碍物一样，使得肾盂内的尿液无法顺利流入输尿管，长期可导致肾盂扩张，形成肾积水。
（二）膀胱输尿管反流（VUR）
1.抗反流机制发育不全：小儿膀胱输尿管连接部的抗反流机制尚未发育完善。正常情况下，膀胱输尿管连接部有活瓣样结构，当膀胱收缩时可阻止尿液反流回输尿管。但在婴幼儿时期，这种活瓣功能不完善，当膀胱内压力升高时，尿液可反流至输尿管甚至肾盂，引起肾积水。反流的程度可分为不同等级，反流严重程度与肾积水的发展相关，一般来说，反流等级越高，肾积水进展的风险越大。
二、后天性因素
（一）尿路感染
1.炎症导致狭窄：小儿尿路感染时，炎症可累及输尿管等部位，引起输尿管黏膜充血、水肿，严重时可导致输尿管狭窄，阻碍尿液排出，进而引起肾积水。例如，大肠杆菌等常见致病菌引起的尿路感染，如果未得到及时有效的控制，炎症蔓延至输尿管，就可能造成输尿管梗阻，引发肾积水。而且反复的尿路感染会加重这种梗阻情况，导致肾积水逐渐加重。
2.尿液反流加重：尿路感染可能会加重膀胱输尿管反流的程度。因为炎症会影响膀胱输尿管连接部的正常功能，使得反流更容易发生且反流程度更严重，从而进一步导致肾盂内尿液排出不畅，肾积水形成或加重。
（二）结石
1.原发结石：小儿泌尿系统结石相对少见，但也可能发生。例如，尿酸结石、草酸钙结石等原发于肾脏或输尿管的结石，可直接阻塞尿路，导致尿液排出受阻，引起肾积水。小儿结石的形成可能与代谢异常、饮食等因素有关，比如某些遗传性代谢疾病可能导致尿液中某些成分异常，容易形成结石。
2.继发于其他疾病：某些全身性疾病或泌尿系统其他疾病可能导致尿液成分改变，继发结石形成。例如，长期卧床的小儿可能因尿液中钙盐等成分沉积形成结石，阻塞尿路，引发肾积水。
（三）腹部外在压迫
1.肿瘤压迫：腹腔内的肿瘤，如神经母细胞瘤等，可能压迫输尿管，导致尿液排出受阻，引起肾积水。神经母细胞瘤好发于婴幼儿腹部，当肿瘤生长到一定程度时，可压迫附近的输尿管，影响尿液的正常引流，进而导致肾盂扩张和肾积水。
2.血管压迫：异常走行的血管也可能压迫输尿管，常见的如迷走血管压迫输尿管。在胚胎发育过程中，血管走行异常，压迫输尿管，使尿液通过受阻，长期可导致肾积水。这种情况在小儿中相对较少见，但也是引起肾积水的一个原因。
