灼口综合症的发生与局部因素、全身因素及其他因素有关。局部因素包括口腔局部病变（如残根等刺激）和感染因素（如念珠菌感染）；全身因素涉及内分泌因素（更年期女性雌激素下降等、其他内分泌疾病）、系统疾病（神经系统疾病、维生素缺乏）、精神心理因素（焦虑抑郁等）；其他因素有生活方式因素（吸烟饮酒、饮食刺激）和药物因素（某些药物副作用）。
感染因素：念珠菌感染是较为常见的局部感染因素。念珠菌在口腔内过度增殖时，会产生一些代谢产物，这些产物可能刺激口腔黏膜的神经末梢，引起灼痛等不适症状。有研究表明，约一定比例（如10%-20%）的灼口综合症患者存在念珠菌感染情况。
全身因素
内分泌因素
更年期女性：更年期女性由于卵巢功能衰退，雌激素水平下降，会引起内分泌紊乱。雌激素对口腔黏膜的生理功能有一定的调节作用，雌激素水平降低可能导致口腔黏膜变薄、干燥，神经末梢更容易受到刺激，从而增加灼口综合症的发病几率。据统计，更年期女性中灼口综合症的发生率明显高于非更年期女性。
其他内分泌疾病：如糖尿病患者，血糖控制不佳时，高血糖环境可能影响神经的传导功能，同时，糖尿病患者常伴有自主神经病变等并发症，这些都可能参与灼口综合症的发生发展。甲状腺功能减退等内分泌疾病也可能通过影响机体的代谢和神经功能，与灼口综合症的发生相关。
系统疾病
神经系统疾病：如三叉神经病变、舌咽神经痛等，这些疾病会干扰神经信号的正常传导，使得口腔内的感觉信号异常传递，导致患者感觉口腔有灼烧样疼痛等不适。例如，三叉神经的某一分支发生病变时，可能会牵涉到口腔区域出现异常感觉。
维生素缺乏：如维生素B12、叶酸等缺乏时，会影响神经系统的正常代谢和功能。维生素B12参与神经髓鞘的合成，缺乏时神经髓鞘受损，容易导致神经传导异常，可能引发口腔内的感觉异常，增加灼口综合症的发生可能性。有研究显示，在灼口综合症患者中，维生素B12缺乏的发生率相对较高。
精神心理因素
焦虑、抑郁：长期处于焦虑、抑郁状态的人群，其神经内分泌系统会发生紊乱，影响神经递质的平衡。例如，5-羟色胺、去甲肾上腺素等神经递质的异常可能导致患者对疼痛的感知阈值降低，更容易感受到口腔的灼烧样疼痛。临床中发现，相当一部分灼口综合症患者存在不同程度的焦虑或抑郁情绪，而且情绪状态与症状的严重程度往往呈正相关，即情绪越差，症状可能越明显。
其他精神心理问题：如强迫症、疑病症等，患者可能会过度关注口腔的感觉，将正常的口腔感觉放大，从而产生灼烧样疼痛的主观感受。
其他因素
生活方式因素
吸烟、饮酒：吸烟产生的烟雾中含有多种有害物质，如尼古丁、焦油等，这些物质会刺激口腔黏膜，损伤口腔的防御屏障，同时影响神经末梢的功能。饮酒，尤其是过量饮酒，会对口腔黏膜造成直接的刺激，还可能影响机体的整体代谢和神经功能，增加灼口综合症的发生风险。有调查发现，长期吸烟、饮酒的人群患灼口综合症的几率明显高于不吸烟不饮酒的人群。
饮食因素：长期食用过烫、过辣、过酸等刺激性食物，会反复刺激口腔黏膜，使口腔黏膜处于一种持续的应激状态，久而久之可能导致灼口综合症。例如，经常吃火锅、麻辣烫等过烫、过辣食物的人群，口腔黏膜不断受到刺激，容易引发口腔内的异常感觉。
药物因素：某些药物的副作用可能导致口腔黏膜出现灼痛等不适。例如，一些降压药、抗焦虑药等，可能会引起口干等不良反应，而口干又会进一步加重口腔黏膜的刺激，从而诱发灼口综合症。不同个体对药物的反应存在差异，部分患者可能在服用特定药物后出现与灼口综合症相关的症状。
