胎儿多指畸形受遗传因素（单基因遗传致SHH基因等突变、染色体异常）、环境因素（母体感染风疹病毒等、不合理用药、接触化学物质、过量辐射）及其他因素（营养不均衡、高龄妊娠）影响，遗传因素具家族遗传性，环境等因素可干扰胎儿发育致肢体结构异常，营养不均衡及高龄妊娠也会增加胎儿多指畸形风险。
染色体异常：染色体数目或结构的异常也可能引发胎儿多指畸形。例如，21-三体综合征（唐氏综合征）患儿常常伴有包括多指畸形在内的多种畸形表现。染色体的异常会导致基因的数量和排列发生改变，影响众多基因的正常表达和功能，进而干扰胎儿的正常发育，使得肢体发育出现异常，出现多指的情况。
环境因素
母体感染：孕期母体感染某些病毒，如风疹病毒等，可能增加胎儿多指畸形的发生风险。研究发现，在妊娠早期感染风疹病毒，病毒可以通过胎盘影响胎儿的发育，干扰肢体芽的正常分化和生长，从而导致肢体结构异常，包括多指畸形。母体感染其他病原体，如弓形虫等，也可能对胎儿发育产生不良影响，增加多指畸形的发生几率。
药物因素：孕期不合理使用某些药物也可能成为胎儿多指畸形的诱因。例如，孕期使用某些抗癫痫药物等，可能会干扰胎儿的正常发育过程。这些药物可能通过影响细胞的分裂、分化等过程，导致肢体发育异常，出现多指畸形。不过，不同的药物对胎儿发育的影响机制不同，需要严格根据药物的特性和孕期用药的安全性来评估其风险。
化学物质接触：母体在孕期接触某些化学物质，如工业污染中的有害物质、某些农药等，也可能增加胎儿多指畸形的发生风险。这些化学物质可能通过胎盘进入胎儿体内，干扰胎儿的基因表达和发育程序，影响肢体的正常形成，从而导致多指等畸形的出现。例如，长期接触含有苯类等有害物质的工作环境，母体接触这些化学物质后，可能对胎儿肢体发育产生不利影响。
辐射因素：孕期受到过量的辐射暴露，如接受放射性检查或处于辐射污染环境中，可能会损伤胎儿的细胞，影响肢体的发育，增加多指畸形的发生风险。辐射可以导致DNA损伤等，干扰细胞的正常功能和发育进程，使得肢体在形成过程中出现异常，出现多指的情况。
其他因素
营养因素：孕期母体营养不均衡也可能与胎儿多指畸形有关。例如，缺乏某些重要的维生素（如维生素A等）或矿物质（如锌等），可能会影响胎儿的正常发育。维生素A在肢体发育中起着重要作用，缺乏时可能干扰肢体芽的正常分化和生长，导致肢体结构异常；锌元素参与多种酶的合成和代谢，对细胞的生长、分化等过程有重要影响，缺乏锌可能影响胎儿肢体的发育，增加多指畸形的发生风险。
高龄妊娠：孕妇年龄较大时，胎儿发生多指畸形的风险相对增加。随着孕妇年龄的增长，卵子质量可能下降，染色体发生异常的几率升高，同时身体的各项机能有所减退，对孕期不良因素的抵御能力下降等，这些因素综合起来使得胎儿出现多指畸形等发育异常的可能性增加。例如，35岁以上的高龄孕妇，胎儿发生染色体异常相关畸形包括多指畸形的概率明显高于适龄孕妇。
