小孩肾病综合征多数情况下预后较好，部分患者可达到临床治愈，但存在复发可能，少数患者因病理类型特殊或治疗不及时，可能进展为慢性肾衰竭。
小孩肾病综合征以微小病变型肾病最为常见，约占儿童肾病综合征的70%-80%，该类型肾病对糖皮质激素（如泼尼松等）治疗敏感，多数患儿遵医嘱规范使用激素治疗后2-4周内，蛋白尿可逐渐消失，水肿消退，各项指标恢复正常，达到临床缓解，继续维持治疗一段时间（通常6-12个月）后，部分患儿可停药且长期不复发，实现临床治愈。
但微小病变型肾病复发率较高，约30%-50%的患儿在停药后可能复发，但再次使用激素或联合免疫抑制剂，如环磷酰胺、他克莫司等治疗，仍可再次缓解。少数患儿为其他病理类型，如系膜增生性肾小球肾炎、局灶节段性肾小球硬化等，其中局灶节段性肾小球硬化对治疗反应较差，部分患儿可能逐渐出现肾功能损害，长期发展可能进展为慢性肾衰竭。
此外，治疗是否及时、规范，以及是否存在感染、血栓等并发症，也会影响预后，如果治疗不及时或不规范，可能导致病情迁延或加重。
