小儿疱疹性咽峡炎有2-4天潜伏期，急性期早期有发热等全身症状及咽部轻度不适，1-2天后出现灰白色疱疹伴咽痛等，疱疹破溃后咽痛加重、发热渐退，约1-2周进入恢复期，症状逐渐缓解，不同患儿各阶段表现有差异且恢复速度不同。
一、潜伏期
小儿疱疹性咽峡炎有一定潜伏期，一般为2-4天，此阶段患儿可能无明显症状，但体内病毒已开始在咽部等部位潜伏，为后续发病做准备，不同患儿因个体差异潜伏期可能略有不同，这与患儿自身免疫力等因素有关，免疫力较低的患儿可能潜伏期相对更短或发病更急。
二、急性期早期
1.全身症状
发病初期多数患儿会出现发热症状，体温可高达39-40℃，且发热多为突然起病，部分患儿还可能伴有头痛、乏力、食欲不振等全身不适症状。发热持续时间因人而异，一般可持续2-4天左右，这与病毒在体内引发的免疫反应强度有关，年龄较小的患儿可能体温波动相对更明显，因为其体温调节中枢发育尚不完善。
此阶段部分患儿可能会有咽喉部轻度不适感，但症状不典型，容易被忽视，需要家长密切观察患儿的一般状况。
2.局部症状
咽部开始出现变化，咽部黏膜开始充血，为后续疱疹的形成做铺垫，不过此时还未出现典型的疱疹表现，从病理角度看，是病毒开始在咽部黏膜细胞内复制，引发局部炎症反应的初期阶段。
三、急性期疱疹出现期
1.咽部疱疹形成
发病1-2天后，咽部会出现散在的灰白色疱疹，直径约1-2mm，周围绕以红晕，多见于扁桃体前柱，但也可位于软腭、悬雍垂、扁桃体及舌部等部位。这些疱疹是病毒感染后，咽部黏膜上皮细胞受病毒破坏、增生等形成的典型病变。
随着疱疹的增多，患儿咽喉部不适感会明显加重，出现咽痛症状，且疼痛可能较为剧烈，尤其在进食时，因为吞咽动作会刺激咽部疱疹部位，导致疼痛加剧。此时患儿可能会表现出拒食、流涎等情况，年龄较小的患儿可能会通过哭闹来表达咽部的疼痛不适。
发热症状可能会持续，体温波动情况与个体差异有关，部分患儿体温可能呈持续高热状态，而有些患儿体温可能在波动中逐渐下降，但总体发热时间仍会持续在3-5天左右。
四、急性期疱疹破溃期
1.疱疹破溃及症状变化
疱疹经过1-2天左右会逐渐破溃，形成浅溃疡，表面有淡黄色假膜覆盖，周围黏膜充血仍较明显。破溃后的溃疡会进一步加重咽部疼痛，患儿咽痛症状达到高峰，拒食、流涎等情况可能会更明显。
发热症状在疱疹破溃期可能会逐渐消退，体温逐渐恢复至正常范围，但也有少数患儿可能发热持续时间稍长。此阶段患儿咽部溃疡处的炎症反应仍较明显，需要注意保持口腔清洁，防止继发细菌感染等情况。
五、恢复期
1.症状逐渐缓解
一般经过1-2周左右，咽部溃疡会逐渐愈合，疼痛症状明显减轻，患儿食欲开始恢复，拒食、流涎等情况消失。发热完全消退，全身不适症状如头痛、乏力等也逐渐消失。
在恢复期，患儿身体逐渐恢复健康，但仍需要注意休息，加强营养，因为患病期间患儿身体消耗较大，需要通过合理的饮食等促进身体完全康复。不过不同患儿恢复速度可能不同，年龄较小、体质较弱的患儿恢复时间可能相对较长一些，需要家长在恢复期继续关注患儿的身体状况，给予适当的护理和照顾。
