龟头痛的原因包括龟头炎和尿道炎累及龟头等。龟头炎的感染因素有细菌、真菌、病毒感染，非感染因素有局部刺激、包皮过长或包茎；尿道炎累及龟头包括淋菌性和非淋菌性尿道炎；其他原因有过敏反应、全身性疾病，不同原因对应不同人群及症状表现。
细菌感染：常见的有金黄色葡萄球菌、大肠杆菌等。例如，不注意个人卫生，包皮垢堆积，为细菌滋生提供了温床，细菌感染可引起龟头局部的炎症反应，出现龟头痛，同时可能伴有龟头红肿、分泌物增多等表现。不同年龄、性别均可发生，男性若有包皮过长且未及时清洁，更易发生细菌感染性龟头炎；女性若有不洁性生活等情况，也可能将细菌传染给男性导致发病。
真菌感染：白色念珠菌是常见的致病真菌。糖尿病患者由于血糖控制不佳，机体抵抗力下降，容易发生白色念珠菌感染引起龟头炎；长期大量使用抗生素的人群，也可能因菌群失调而继发真菌感染。真菌感染导致的龟头炎，龟头痛往往较为明显，龟头表面可能有红斑、丘疹，伴有白色分泌物。
病毒感染：如单纯疱疹病毒感染，可通过性接触传播。在有不洁性生活史的人群中易发生，感染后龟头部位可出现水疱、糜烂，伴有疼痛。不同年龄的人群都可能感染，性活跃期的人群风险相对较高。
非感染因素：
局部刺激：
外伤：性生活时过于剧烈、手淫时用力不当等都可能导致龟头外伤，引起龟头痛，局部可能有淤血、肿胀等表现。不同年龄的男性都可能发生，年轻人性生活或手淫较频繁时更容易出现外伤情况。
摩擦：穿着过紧的内裤，长时间行走或运动，导致龟头频繁摩擦，也可引起龟头痛。长期从事需要久坐、频繁摩擦会阴部工作的人群，如出租车司机等，发生这种情况的风险较高。
清洁剂刺激：使用刺激性较强的清洁剂清洗龟头，可能引起局部过敏或刺激反应，出现龟头痛，同时可能伴有龟头皮肤发红、瘙痒等症状。不同性别均可发生，男性若选择不合适的清洁剂，女性若因某些原因影响男性龟头清洁时使用不当的清洁剂，都可能导致刺激。
包皮过长或包茎：包皮过长时，包皮覆盖龟头，但可上翻，而包茎则是包皮口狭窄，不能上翻露出龟头。包皮过长或包茎容易使包皮垢积聚，长期刺激龟头，引发炎症，出现龟头痛，还可能增加阴茎癌的发病风险。各年龄段男性都可能存在包皮过长或包茎的情况，新生儿时期多为生理性包茎，随着年龄增长，部分可自然恢复，若青春期后仍存在包皮过长或包茎，则需要关注并考虑处理。
尿道炎累及龟头
淋菌性尿道炎：由淋病奈瑟菌感染引起，主要通过性接触传播。男性感染后，除了有尿频、尿急、尿痛等尿道炎症状外，炎症可能蔓延至龟头，引起龟头痛，尿道口可有脓性分泌物。性活跃的青壮年期男性是高发人群，有不洁性生活史者风险显著增加。
非淋菌性尿道炎：主要由沙眼衣原体、支原体等感染引起，也是通过性接触传播。患者有尿道炎相关症状，如尿道刺痒、尿痛等，病情迁延不愈时可能累及龟头导致龟头痛，尿道分泌物一般为稀薄黏液。性活跃人群，尤其是有多个性伴侣者易患病。
其他原因
过敏反应：对避孕套、某些食物（如海鲜等）、药物（如抗生素等）过敏时，可能出现龟头过敏反应，表现为龟头痛、瘙痒、皮疹等。不同个体因过敏原不同而有差异，有过敏体质的人群更容易发生过敏反应累及龟头。
全身性疾病：如银屑病累及龟头时，可出现龟头部位的红斑、鳞屑，伴有疼痛；Reiter综合征也可能出现龟头炎、尿道炎等表现，引起龟头痛。全身性疾病引起的龟头痛往往还伴有全身其他部位的相应症状，不同全身性疾病有其各自好发的人群特点，如银屑病可发生于任何年龄，Reiter综合征多见于中青年男性。
