没怀孕但孕酮低可能由多种因素导致，下丘脑-垂体功能异常会因影响促性腺激素分泌进而影响卵巢孕酮分泌，不同年龄女性应对该系统病变检查诊断方式不同；卵巢本身病变如功能减退、早衰、肿瘤等会影响孕酮分泌，不同年龄女性卵巢病变情况各异；不良作息打乱内分泌节律干扰下丘脑-垂体-卵巢轴致孕酮分泌异常，各年龄人群均可能受影响；过度减肥致营养不足使卵巢合成孕酮能力下降，各年龄女性过度减肥均有影响；甲状腺疾病通过与下丘脑-垂体-甲状腺轴的相互作用影响孕酮分泌，各年龄人群患甲状腺疾病均可能影响孕酮水平；肝脏疾病影响孕酮代谢致体内孕酮水平异常，各年龄患肝脏疾病人群均可能出现这种情况。
下丘脑是内分泌系统的重要调节中枢，它分泌的促性腺激素释放激素等会影响垂体促性腺激素的分泌，进而影响卵巢功能。如果下丘脑-垂体出现病变，例如下丘脑肿瘤等疾病，可能导致促性腺激素释放激素分泌减少，使得垂体分泌的促黄体生成素、促卵泡生成素等减少，从而影响卵巢的正常排卵和孕酮分泌。女性中任何年龄阶段若存在下丘脑-垂体相关病变都可能出现没怀孕但孕酮低的情况，不同年龄的女性应对该系统病变的检查和诊断方式有所不同，年轻女性可能更多考虑先天发育或后天疾病因素，围绝经期女性则需考虑内分泌功能自然衰退相关的垂体-卵巢轴功能变化。
卵巢本身病变
卵巢是产生孕酮的主要场所，卵巢功能减退、卵巢早衰等情况会影响孕酮分泌。例如，卵巢功能减退可能是由于遗传因素、自身免疫性疾病、医源性损伤（如放疗、化疗影响卵巢组织）等引起。在不同年龄女性中表现不同，年轻女性可能因自身免疫性卵巢炎等导致卵巢功能受损，围绝经期女性则是卵巢功能自然衰退过程中孕酮分泌减少。卵巢肿瘤等病变也可能破坏卵巢组织，影响孕酮合成，不同性质的卵巢肿瘤对孕酮分泌的影响机制不同，良性肿瘤可能逐渐压迫破坏卵巢组织，恶性肿瘤则更具侵袭性地影响卵巢功能。
生活方式因素影响
不良作息
长期熬夜会打乱人体的生物钟，影响内分泌系统的正常节律。人体的激素分泌有其特定的昼夜节律，例如促肾上腺皮质激素、皮质醇等的分泌有昼夜变化，而性激素包括孕酮的分泌也与昼夜节律相关。长期熬夜会干扰下丘脑-垂体-卵巢轴的正常功能，导致孕酮分泌异常。无论哪个年龄阶段的人群，长期不良作息都可能引发这种情况，年轻人群可能因工作学习压力大等原因经常熬夜，围绝经期女性也可能因睡眠质量受情绪等因素影响而出现熬夜情况，进而影响孕酮水平。
过度减肥
过度减肥的人群，尤其是通过过度节食来减肥的女性，会导致身体营养摄入不足，特别是蛋白质、脂肪、维生素等营养物质的缺乏。而这些营养物质是合成激素的重要原料，孕酮属于类固醇激素，其合成需要充足的营养支持。当营养摄入不足时，卵巢合成孕酮的能力会下降，从而出现没怀孕但孕酮低的情况。处于青春期的女性过度减肥可能影响正常的生长发育和内分泌功能，育龄期女性可能导致月经紊乱、孕酮水平异常，围绝经期女性过度减肥也会进一步扰乱已经处于变化中的内分泌状态。
其他疾病因素影响
甲状腺疾病
甲状腺疾病与孕酮分泌也有一定关联。甲状腺功能亢进或减退都会影响下丘脑-垂体-甲状腺轴的功能，而该轴与下丘脑-垂体-卵巢轴存在一定的相互作用关系。例如，甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌减少，会通过负反馈机制影响垂体分泌促甲状腺激素等激素的同时，也可能影响促性腺激素的分泌，进而影响卵巢的孕酮分泌。不同年龄的人群患甲状腺疾病的概率不同，儿童可能因先天性甲状腺疾病影响，成年女性各个年龄段都可能发生甲状腺疾病，从而影响孕酮水平。
肝脏疾病
肝脏是激素代谢的重要器官，孕酮在肝脏进行代谢灭活。如果存在肝脏疾病，如肝硬化等，会影响孕酮的代谢过程。肝脏疾病可能导致肝脏对孕酮的代谢能力下降，使得体内孕酮水平异常。任何年龄阶段患有肝脏疾病的人群都可能出现这种情况，不同年龄的患者肝脏疾病的病因和病情严重程度不同，对孕酮代谢的影响机制也有所差异，例如儿童肝脏疾病可能与先天发育异常或感染等因素有关，成年患者则可能因病毒性肝炎、酒精性肝病等引起。
