新生儿肛门闭锁手术费无固定标准，可能需数万元，具体费用受多种因素影响，如手术方式、医院级别与地区差异、患者病情。
1.手术方式
会阴肛门成形术适用于低位肛门闭锁，手术相对简单，对身体损伤小。费用一般在1-3万元。骶会阴肛门成形术用于中位肛门闭锁，需从骶部入路，操作复杂些。费用约3-5万元。
腹骶会阴肛门成形术针对高位肛门闭锁，要联合腹部、骶部及会阴部手术，操作最复杂。费用通常5-8万元甚至更高。
2.医院级别与地区差异
级别高的医院，设备先进，专家经验丰富，但成本高，费用会比基层医院高。如一线城市三甲医院费用可能比普通二甲医院高出20%-50%。这是因为高级别医院的设施投入大，专家诊疗费相对较高，同时医院运营成本也高。经济发达地区物价高，手术费也高。一线城市比三四线城市费用可能高出1-3万元。不同地区的医疗资源配置不同，物价水平、人力成本等差异导致费用不同。
3.患儿具体病情
若患儿合并先天性心脏病、神经管畸形等，手术复杂程度增加，费用可能增加25万元。因合并畸形需多学科会诊，手术方案更复杂，术中术后监护难度加大，增加治疗成本。若术后出现感染、肛门狭窄等并发症，需额外治疗，费用增加1-3万元。治疗并发症需使用抗生素、进行扩肛等特殊处理，延长住院时间，增加医疗成本。
