自然流产的原因包括胚胎因素（染色体异常是早期自然流产最常见原因）、母体因素（全身性疾病如感染、慢性疾病，生殖器官异常如子宫畸形、宫腔粘连，内分泌异常如黄体功能不全、甲状腺功能异常）、父亲因素（精子染色体异常）、环境因素（化学物质接触、辐射）。
一、胚胎因素
染色体异常：这是早期自然流产最常见的原因。据相关研究，约50%-60%的早期自然流产与胚胎染色体异常有关。无论是数目异常（如三体、单体等）还是结构异常，都可能导致胚胎发育异常，从而引发流产。这种情况在各年龄段怀孕的女性中都可能发生，且与父母的染色体携带情况等因素相关。
二、母体因素
全身性疾病
感染：孕妇在怀孕早期若发生严重感染，如病毒感染（如风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等）、细菌感染（如伤寒、败血症等），病原体产生的毒素或炎性物质可能通过胎盘影响胚胎发育，导致流产。例如，孕妇感染风疹病毒后，胎儿畸形及流产的风险明显增加。不同年龄的孕妇感染后引发流产的风险可能因自身免疫力等因素有所不同，一般来说，免疫力相对较低的孕妇风险更高。
其他全身性疾病：一些慢性疾病，如糖尿病（未控制良好的糖尿病孕妇流产发生率较高，约为15%-30%）、高血压、甲状腺功能异常（甲状腺功能减退或亢进均可影响胚胎发育，增加流产风险）等，也会对胚胎的生长环境产生不利影响，从而导致流产。
生殖器官异常
子宫解剖异常：子宫畸形（如单角子宫、双角子宫、纵隔子宫等）会影响胚胎的着床和发育空间。据统计，有子宫畸形的女性怀孕后自然流产的发生率较正常女性明显升高。不同类型的子宫畸形对流产的影响程度有所差异，纵隔子宫相对来说可能对流产的影响更为突出。
宫腔粘连：宫腔粘连会使宫腔有效容积减小，影响胚胎的种植和发育，增加流产的可能性。这种情况在有宫腔操作史（如人工流产、刮宫等）的女性中较为常见，不同年龄的女性都可能发生，尤其是多次宫腔操作的女性风险更高。
内分泌异常
黄体功能不全：黄体分泌的孕激素对维持妊娠至关重要。黄体功能不全时，孕激素分泌不足，不能满足胚胎发育的需求，从而导致流产。研究发现，黄体功能不全的孕妇流产发生率可高达30%-40%。不同年龄的孕妇都可能出现黄体功能不全的情况，一般来说，年龄较大的孕妇相对更容易发生。
甲状腺功能异常：如前所述，甲状腺功能减退或亢进都会影响胚胎发育，增加流产风险。甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌减少，会影响胚胎的生长发育过程中的代谢等多种生理功能；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也会对胚胎造成不良影响。
三、父亲因素
精子染色体异常：父亲的精子染色体异常也可能导致胚胎染色体异常，从而引发自然流产。虽然相对于母亲因素，父亲因素导致流产的比例相对较低，但也是不可忽视的一个方面。随着男性年龄的增加，精子染色体异常的发生率可能会升高，进而增加后代流产等不良妊娠结局的风险。
四、环境因素
化学物质接触：孕妇接触过多的有害化学物质，如苯、甲醛、农药等，可能会损害胚胎，导致流产。例如，长期处于甲醛超标的环境中，胚胎发育受影响的风险增加。不同生活方式的女性，如长期接触化工行业相关工作的女性，接触有害化学物质的机会更多，流产风险相对较高。
辐射：孕妇接触过量的辐射，如放射性物质、X线等，可能会引起胚胎细胞的突变，导致流产。长期处于有辐射环境中的女性，如从事放射相关工作的女性，怀孕后流产风险会明显增加。不同年龄的女性在接触辐射后，由于自身身体状况的差异，流产风险也会有所不同，一般来说，年龄较大的女性身体修复等能力相对较弱，受辐射影响可能更大。
