慢性结肠炎的发生与感染因素（细菌、病毒感染可致肠道慢性炎症）、肠道菌群失调（正常菌群作用及不同人群差异影响）、免疫因素（自身免疫反应及持续炎症）、遗传因素（遗传易感性及与环境因素交互作用）相关。
一、感染因素
1.细菌感染：某些细菌感染是慢性结肠炎的常见诱因。例如，痢疾杆菌、大肠杆菌等感染肠道后，可能引发肠道的慢性炎症反应。研究表明，这些细菌可在肠道内长期存活，不断刺激肠道黏膜，导致肠道黏膜的炎症持续存在，进而发展为慢性结肠炎。儿童由于免疫系统发育尚未完善，相对更容易受到细菌感染的影响，若儿童时期有过严重的肠道细菌感染未得到彻底治疗，就可能增加日后患慢性结肠炎的风险。
2.病毒感染：一些病毒感染也可能与慢性结肠炎的发生相关。如轮状病毒等，病毒感染肠道后，会对肠道黏膜造成损伤，引发免疫反应，长期的免疫激活可能导致肠道慢性炎症。对于免疫力较低的人群，包括老年人，病毒感染后更易诱发慢性结肠炎。老年人随着年龄增长，免疫力逐渐下降，病毒感染后肠道修复能力减弱，炎症容易迁延不愈。
二、肠道菌群失调
1.正常菌群的作用：人体肠道内存在着大量的正常菌群，它们对维持肠道的正常功能起着重要作用，如帮助消化、抑制有害菌生长等。当肠道菌群失调时，有益菌数量减少，有害菌大量繁殖，就可能引起肠道炎症。例如，长期使用广谱抗生素的人群，抗生素在杀灭有害菌的同时，也会破坏肠道内的正常菌群平衡，使得有害菌过度生长，从而引发慢性结肠炎。长期不良的生活方式，如饮食不规律、过度饮酒等，也会影响肠道菌群的平衡，增加肠道菌群失调的风险，进而诱发慢性结肠炎。
2.不同人群的差异：对于儿童来说，不合理的喂养方式可能导致肠道菌群失调，如过早添加辅食或辅食种类不合理等，都可能影响儿童肠道菌群的正常建立，增加慢性结肠炎的发病几率。而对于老年人，随着年龄增长，肠道菌群本身就会发生变化，再加上一些基础疾病的影响，如糖尿病等，更容易出现肠道菌群失调，引发慢性结肠炎。
三、免疫因素
1.自身免疫反应：人体的免疫系统异常时，可能会攻击自身肠道组织，引发慢性炎症。例如，一些自身免疫性疾病可能累及肠道，导致慢性结肠炎。自身免疫反应的发生与遗传因素有一定关系，若家族中有自身免疫性疾病的病史，个体患慢性结肠炎的风险可能会增加。女性在一些特殊生理时期，如更年期，体内激素水平发生变化，可能会影响免疫系统的功能，从而更容易诱发自身免疫性相关的慢性结肠炎。
2.免疫反应的持续：由于免疫因素导致的肠道炎症，其炎症反应往往是持续存在的。这是因为免疫系统的异常激活难以自行恢复，炎症细胞持续浸润肠道黏膜，导致肠道黏膜的损伤和修复处于失衡状态，进而使慢性结肠炎迁延不愈。对于患有自身免疫性疾病的人群，如患有类风湿关节炎的患者，需要长期关注肠道健康，因为其自身免疫紊乱可能累及肠道，引发慢性结肠炎。
四、遗传因素
1.遗传易感性：遗传因素在慢性结肠炎的发病中起到一定作用。研究发现，某些基因的突变或多态性与慢性结肠炎的易感性相关。如果家族中有慢性结肠炎的患者，那么其他家族成员患慢性结肠炎的风险比普通人群要高。不同性别在遗传易感性上可能存在一定差异，但目前具体机制还不完全明确。例如，某些特定基因的遗传缺陷可能使个体的肠道更容易受到各种致病因素的影响，从而增加慢性结肠炎的发病几率。
2.遗传与环境因素的交互作用：遗传因素并不是单独起作用的，而是与环境因素相互作用。即使有遗传易感性，如果没有合适的环境因素刺激，也不一定会发病。但如果同时存在遗传易感性和不利的环境因素，如长期暴露在污染环境中、长期精神压力过大等，就会显著增加慢性结肠炎的发病风险。对于有家族遗传倾向的人群，更要注意保持良好的生活方式和环境，以降低发病风险。
