甲减的病因多样，包括桥本甲状腺炎、甲状腺破坏、碘缺乏、碘过量、垂体疾病等。
1.桥本甲状腺炎
这是导致甲减最常见的原因之一，多见于中年女性。自身免疫系统错误地攻击甲状腺组织，产生针对甲状腺的自身抗体，如甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）和甲状腺球蛋白抗体（TgAb）。这些抗体破坏甲状腺滤泡上皮细胞，影响甲状腺激素的合成和分泌。
2.甲状腺破坏
因甲状腺结节、甲状腺癌等疾病进行甲状腺部分或全部切除手术后，甲状腺组织减少，甲状腺激素的合成和分泌能力下降，从而引发甲减。
3.碘缺乏
多见于远离海洋、碘资源匮乏的地区。碘是合成甲状腺激素的重要原料，长期碘摄入不足，甲状腺无法合成足够的甲状腺激素，会反馈性地引起垂体分泌促甲状腺激素（TSH）增加，刺激甲状腺增生、肿大，最终导致甲状腺功能减退。
4.碘过量
摄入过多的碘也可能导致甲减，尤其是本身有潜在甲状腺疾病的人群。过量的碘会抑制甲状腺激素的合成和释放，引起甲状腺功能异常。例如，长期大量食用含碘丰富的食物（如海带、紫菜等）或使用含碘药物，可能增加甲减的发病风险。
5.垂体疾病
垂体肿瘤、垂体手术、垂体炎等疾病可导致垂体分泌促甲状腺激素（TSH）减少，从而使甲状腺得不到足够的刺激，甲状腺激素合成和分泌减少，引起继发性甲减。垂体病变引起的甲减通常还会伴有其他垂体激素分泌异常的表现。
此外，下丘脑肿瘤、创伤等病变可影响促甲状腺激素释放激素（TRH）的分泌，进而影响垂体TSH的分泌，最终导致甲状腺功能减退。这种情况相对较少见，但诊断和治疗较为复杂。
