原发性脑干损伤会引发多种表现，包括迅速出现严重意识障碍且不同年龄段患者有不同受影响情况；瞳孔大小改变及对光反射异常，各年龄段患者均可能出现且提示损伤严重；眼球运动障碍，有眼球位置异常和运动受限等情况，不同年龄段患者恢复有差异；运动障碍表现为肢体瘫痪（交叉性或双侧）、去皮质强直或去大脑强直，不同年龄段患者恢复等情况不同；生命体征紊乱，呼吸功能紊乱可出现多种呼吸节律改变且不同年龄段患者有不同危急程度，心血管功能紊乱可致血压和心率异常且不同年龄段患者处理不同。
瞳孔变化
瞳孔大小改变：
可出现双侧瞳孔不等大，这是由于脑干内动眼神经核等结构受损，导致两侧动眼神经功能不平衡所致。例如一侧动眼神经核受损时，该侧瞳孔可变大。儿童患者由于神经调节相对不稳定，瞳孔变化可能更易波动；老年患者则可能因基础眼部及神经系统状况，对瞳孔变化的感知和判断需更谨慎。
也可出现双侧瞳孔极度缩小，呈针尖样瞳孔，常见于脑干被盖部损伤累及交感神经纤维等情况。
瞳孔对光反射异常：
患者瞳孔对光反射可减弱或消失，这是因为脑干内与瞳孔对光反射相关的神经传导通路受损。无论是儿童、成年还是老年患者，只要存在脑干损伤，都可能出现瞳孔对光反射的异常改变，且这种改变往往提示脑干损伤的严重程度较深。
眼球运动障碍
眼球位置异常：
可出现眼球分离、同向偏斜等情况。这是因为脑干内支配眼球运动的神经核团及神经纤维受损，导致眼球的协调运动功能障碍。儿童患者在生长发育过程中，眼球运动相关神经的恢复潜力与成人不同；老年患者则可能因眼部及全身状况，影响眼球运动障碍的恢复。
眼球运动受限：
患者可出现眼球不能随意转动等运动受限表现，如双侧展神经核受损时，可导致双眼外展不能。不同年龄段患者由于自身神经修复能力等差异，眼球运动障碍的恢复程度和预后有所不同。
运动障碍
肢体瘫痪：
多表现为交叉性瘫痪，即一侧脑干病变时，可出现病变侧cranialnerve（颅神经）麻痹和对侧肢体瘫痪。这是因为脑干内的皮质脊髓束等运动传导通路受损。儿童患者在发生脑干损伤后，肢体瘫痪的恢复需要考虑其神经再生和发育的特点；老年患者则需关注基础疾病对肢体运动功能恢复的影响。
也可出现双侧肢体瘫痪，当脑干广泛损伤时，可导致双侧的皮质脊髓束等受损，引起双侧肢体运动功能障碍。
去皮质强直或去大脑强直：
严重的原发性脑干损伤可导致去皮质强直或去大脑强直，表现为四肢伸直、肌张力增高、角弓反张等。这是由于脑干网状结构受损，失去了对脊髓的正常抑制或兴奋调节作用。儿童患者发生去皮质强直或去大脑强直时，其神经系统的耐受程度和后续恢复情况与成人不同；老年患者则需注意这种严重运动障碍对整体身体状况的影响，如可能导致的肺部感染、压疮等并发症的发生风险增加。
生命体征紊乱
呼吸功能紊乱：
脑干是呼吸中枢所在部位，原发性脑干损伤常导致呼吸节律和频率的明显改变，如出现潮式呼吸、抽泣样呼吸、呼吸暂停等。儿童患者的呼吸中枢相对娇嫩，脑干损伤后呼吸功能紊乱可能更为危急；老年患者本身呼吸功能可能有所下降，脑干损伤后呼吸功能紊乱会进一步加重其呼吸功能的负担。
心血管功能紊乱：
可出现血压波动，如血压升高或降低，这是因为脑干内调节心血管活动的神经中枢受损。同时，还可能出现心率的异常，如心率增快或减慢等。不同年龄段患者对血压和心率变化的耐受不同，儿童患者血压和心率的调节能力相对较弱，老年患者则可能因合并有心血管基础疾病，脑干损伤后心血管功能紊乱的处理更为复杂。
