原发性脑干损伤会引发多种症状，包括迅速出现严重且持续时间长的意识障碍，双侧或单侧瞳孔变化，眼球运动障碍（垂直和水平注视障碍），去皮质强直与去大脑强直，生命体征紊乱（呼吸功能紊乱、心血管功能紊乱）以及锥体束征等，这些症状与脑干受损影响其相关结构和功能有关。
瞳孔变化
双侧瞳孔变化：
可表现为双侧瞳孔缩小，直径可小于2mm，这常见于中脑受损影响动眼神经副核时。例如，当脑干损伤累及中脑动眼神经核附近区域，导致副交感神经纤维受损，引起瞳孔括约肌收缩，出现双侧瞳孔缩小。
也可出现双侧瞳孔散大，直径大于5mm，这是由于脑干损伤严重，累及脑干的交感和副交感神经纤维，导致瞳孔扩大肌失去神经支配而过度收缩，或动眼神经核受损等原因引起。
单侧瞳孔变化：伤后早期可出现一侧瞳孔散大，对光反射消失，这是因为一侧动眼神经损伤，常见于脑干一侧的挫裂伤等病变累及动眼神经所致。如脑干一侧的挫裂伤导致动眼神经受压或受损，引起该侧瞳孔散大，对光反射消失。
眼球运动障碍
垂直注视障碍：脑干中脑顶盖区的四叠体上丘是眼球垂直运动的中枢，原发性脑干损伤累及此处时，可出现垂直注视障碍，如双眼不能向上或向下注视。例如，中脑四叠体上丘受损，导致眼球垂直运动的神经传导通路受阻，患者无法完成正常的垂直方向眼球运动。
水平注视障碍：脑桥的外展神经核及其神经纤维受损时，可出现水平注视障碍，如双眼不能向一侧水平注视。因为脑桥是眼球水平运动的重要中枢部位，其受损会影响眼球水平运动的神经调控，导致双眼水平注视功能异常。
去皮质强直与去大脑强直
去皮质强直：表现为上肢屈曲内收，腕及手指屈曲，双下肢伸直，常见于间脑和中脑受损时。这是由于间脑和中脑的皮质下结构受损，失去了对皮质运动区的抑制作用，导致上肢出现屈曲姿势。
去大脑强直：表现为四肢伸直，肌张力增高，呈角弓反张状态，多发生在中脑受损严重时。因为中脑是维持正常肌紧张的重要结构，中脑受损后，网状结构的易化区与抑制区平衡失调，易化区占优势，导致全身伸肌紧张性增强，出现去大脑强直。
生命体征紊乱
呼吸功能紊乱：脑干是呼吸中枢所在部位，原发性脑干损伤常导致呼吸功能紊乱。可表现为呼吸节律不规则，如出现潮式呼吸、抽泣样呼吸、呼吸暂停等。例如，当脑干的呼吸中枢受损时，呼吸的节律和深度无法正常调节，出现各种异常呼吸节律。一般来说，延髓呼吸中枢受损时呼吸紊乱更为严重，可迅速导致呼吸骤停。
心血管功能紊乱：脑干损伤可引起心血管功能紊乱，表现为血压波动，可出现血压升高或降低。同时，心率也可出现异常，如心率增快或减慢。这是因为脑干内的心血管运动中枢受损，影响了对心血管活动的调节，导致血压和心率的不稳定。例如，临床观察发现，约70%以上的原发性脑干损伤患者存在不同程度的血压和心率异常改变。
锥体束征
原发性脑干损伤时，常出现锥体束征，表现为伤侧或双侧肢体的肌力减退、肌张力增高、病理反射阳性等。这是由于脑干内的皮质脊髓束受损，导致上运动神经元受损，出现锥体束征。例如，患者可出现巴宾斯基征阳性，表现为大脚趾背伸，其余四趾呈扇形展开等，提示皮质脊髓束受损。不同年龄的患者，由于神经系统发育或成熟程度不同，锥体束征的表现可能有一定差异，但本质都是脑干内锥体束受损的体现。对于儿童患者，由于其神经系统尚在发育中，锥体束征的表现可能与成人有所不同，但核心是脑干内相关神经传导束受损导致的运动功能异常改变。而对于有基础病史的患者，如本身存在神经系统基础疾病，原发性脑干损伤可能会加重锥体束征的表现，需要结合其基础病史进行综合判断和评估。
