习惯性流产的发生与多种因素相关，包括染色体异常（如数目和结构异常，与家族史、年龄有关）、内分泌异常（黄体功能不全、甲状腺功能异常）、子宫解剖异常（子宫畸形、宫腔粘连）、免疫因素（自身免疫性疾病、同种免疫异常）、感染因素（TORCH感染、其他病原体感染如支原体、衣原体感染）。
内分泌异常
黄体功能不全：黄体分泌的孕激素对维持妊娠至关重要。黄体功能不全时，孕激素分泌不足，不能为胚胎着床和发育提供良好的宫内环境，容易导致流产。研究表明，约30%-40%的习惯性流产与黄体功能不全有关。患有多囊卵巢综合征的女性，常存在内分泌紊乱，黄体功能往往不足，增加了习惯性流产的风险。
甲状腺功能异常：甲状腺功能亢进或减退都会影响妊娠。甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平会干扰胚胎的正常发育；甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响母体的新陈代谢以及胚胎的生长发育，增加习惯性流产的发生几率。例如，临床研究发现，甲状腺功能减退患者未经治疗时，习惯性流产的发生率明显高于甲状腺功能正常的人群。
子宫解剖异常
子宫畸形：如纵隔子宫、单角子宫、双角子宫等。子宫畸形会使子宫腔形态异常，影响胚胎的着床和发育空间。纵隔子宫是由于胚胎时期双侧副中肾管融合不全，在宫腔内形成纵隔，这会干扰胚胎的正常种植和发育，导致习惯性流产的发生风险增加。有子宫畸形的女性，尤其是纵隔子宫患者，习惯性流产的发生率较正常人群高出数倍。
宫腔粘连：多由于宫腔操作（如人工流产、刮宫等）损伤子宫内膜基底层，导致宫腔部分或全部粘连。宫腔粘连会使宫腔容积减小，子宫内膜受损，影响胚胎的着床和营养供应，从而引发习惯性流产。有过多次宫腔操作史的女性，发生宫腔粘连进而导致习惯性流产的可能性增大。
免疫因素
自身免疫性疾病：如系统性红斑狼疮、抗磷脂综合征等。抗磷脂综合征患者体内存在抗磷脂抗体，这些抗体可与血管内皮细胞、血小板等结合，导致血管内血栓形成，胎盘血液循环障碍，影响胚胎的供血供氧，从而引起习惯性流产。系统性红斑狼疮患者体内的自身抗体也会对胎盘组织产生免疫损伤，增加流产的风险。这类自身免疫性疾病在女性中的发病率相对较高，尤其是育龄女性，需要密切关注自身免疫状况。
同种免疫异常：母体对胚胎的免疫耐受失衡也会导致习惯性流产。正常妊娠时，母体免疫系统对胚胎产生的父源性抗原处于一种耐受状态，以保证胚胎的存活。如果这种免疫耐受机制发生异常，母体免疫系统将胚胎视为异物进行攻击，从而引发流产。例如，自然杀伤细胞活性异常增高时，会对胚胎造成损伤，导致习惯性流产的发生。
感染因素
TORCH感染：包括弓形虫、风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等感染。孕妇感染这些病原体后，病原体可通过胎盘感染胎儿，引起胎儿发育异常、流产等。例如，孕妇感染风疹病毒，在妊娠早期可导致胎儿先天性白内障、耳聋、心脏畸形等，进而引发流产。不同年龄段的孕妇都有可能感染TORCH病原体，但育龄女性由于生殖活动较为频繁，感染风险相对较高。
其他病原体感染：如支原体、衣原体感染等。这些病原体感染可引起子宫内膜炎症，影响胚胎的着床和发育。有不洁性生活史或多个性伴侣的女性，感染支原体、衣原体的风险增加，进而增加了习惯性流产的发生几率。
