心肌炎的病因包括感染性因素和非感染性因素。感染性因素有病毒、细菌、真菌、寄生虫感染；非感染性因素有自身免疫性疾病、药物副作用、中毒及其他如放射性损伤、内分泌代谢性疾病等。不同因素引发心肌炎的特点及易患人群有所不同，如病毒感染是最常见病因，儿童青少年易受病毒侵袭；自身免疫性疾病女性更易罹患；药物相关性心肌炎儿童和老年人相对更易受影响等。
细菌感染：白喉杆菌是较为常见的引起心肌炎的细菌，白喉杆菌产生的外毒素可导致心肌损伤；肺炎链球菌、链球菌等细菌感染引发败血症时，细菌毒素也可能累及心肌，引发炎症，但相对病毒感染来说，细菌感染导致心肌炎的比例较低。不同年龄人群均可发生细菌感染相关心肌炎，但相对病毒感染较少见，有基础疾病或免疫力低下的人群发生细菌感染后更易引发心肌炎。
真菌感染：如念珠菌、曲霉菌等真菌感染也可能引起心肌炎，但较为罕见，常见于免疫力极度低下的人群，如长期使用免疫抑制剂的患者、艾滋病晚期患者等，真菌可通过血液循环侵犯心肌，引发心肌炎症反应。
寄生虫感染：锥虫、弓形虫等寄生虫感染可导致心肌炎。例如，恰加斯病是由克氏锥虫感染引起的，多见于南美洲等特定地区，寄生虫感染心肌后，在心肌细胞内寄生繁殖，引起心肌炎症和损伤；弓形虫感染在免疫功能正常人群中多为隐性感染，当机体免疫力下降时，弓形虫可侵犯心肌引发心肌炎，孕妇感染弓形虫还可能通过胎盘传染给胎儿，影响胎儿心脏发育。不同年龄人群都可能感染相关寄生虫，但在免疫低下人群中更易发病。
非感染性因素
自身免疫性疾病：某些自身免疫性疾病可累及心肌引发心肌炎，如系统性红斑狼疮、类风湿关节炎、结节病等。以系统性红斑狼疮为例，这是一种自身免疫介导的慢性炎症性结缔组织病，患者体内存在多种自身抗体，这些自身抗体可攻击自身组织包括心肌，导致心肌炎症。自身免疫性疾病引发的心肌炎在不同年龄、性别均可发生，女性由于自身免疫性疾病的发病特点，相对更易罹患，如系统性红斑狼疮女性患者明显多于男性。患有自身免疫性疾病的人群需要密切监测心脏情况，因为自身免疫性疾病可能会逐步累及心脏引发心肌炎等心脏并发症。
药物副作用某些药物在使用过程中可能引起心肌炎不良反应例如，一些抗肿瘤药物（如阿霉素等）、抗精神病药物（如氯丙嗪等）可能导致心肌损伤引发心肌炎。药物导致心肌炎可能与药物的毒性作用以及个体的特异质反应有关不同个体对药物反应不同年龄人群因疾病治疗需求使用相应药物时均有可能发生药物相关性心肌炎，但儿童和老年人由于身体代谢等功能特点，相对更易受到药物副作用影响，在使用可能导致心肌炎的药物时需谨慎评估风险。
中毒某些毒物中毒可引起心肌炎，如一氧化碳中毒可导致心肌缺氧损伤；酒精中毒长期大量饮酒可引起心肌损害进而引发心肌炎酒精对心肌有直接的毒性作用，长期大量摄入酒精会影响心肌细胞代谢等功能，导致心肌炎症等病变。不同年龄人群都可能接触毒物，但长期大量饮酒者（多集中在成年人群体）发生酒精性心肌炎风险较高；一氧化碳中毒可发生在各年龄人群，尤其是冬季燃煤取暖不当导致一氧化碳中毒的人群更易出现心肌受累情况。
其他：如放射性损伤，胸部接受放射性治疗过程中，心肌可能受到辐射损伤引发炎症；某些内分泌代谢性疾病，如甲状腺功能亢进或减退，严重时也可能影响心肌导致心肌代谢紊乱引发心肌炎等心脏病变。不同年龄人群都可能因放射性损伤或内分泌代谢疾病出现心肌炎症，但接受胸部放疗的人群以及患有严重内分泌代谢疾病未良好控制的人群风险相对较高。
