胚胎停止发育常见原因包括染色体异常（父母双方或胚胎自身染色体异常、父母年龄大致生殖细胞染色体畸变概率增）、母体因素（内分泌异常如黄体或甲状腺功能不全、子宫异常如解剖结构或内膜病变、免疫因素如自身或同种免疫异常、感染病原体）、父亲因素（精子染色体异常、年龄大或接触有害物质致精子质量下降）、环境因素（长期接触有害化学物质或高辐射环境致胚胎受损）。
染色体异常：
父母因素：父母双方任何一方存在染色体数目或结构异常都可能遗传给胚胎，导致胚胎染色体异常，从而引发胚胎停止发育。例如，平衡易位携带者，其携带的异常染色体传递给胚胎后，会影响胚胎正常的生长发育过程。从年龄角度看，女性年龄大于35岁、男性年龄大于40岁时，生殖细胞发生染色体畸变的概率增加，胚胎发生染色体异常的风险也随之升高。
胚胎自身因素：胚胎在发育过程中由于各种原因出现染色体自发突变，也会造成胚胎染色体异常，最终导致胚胎停止发育。这种情况在自然流产的胚胎中较为常见，约50%-60%的早期自然流产与胚胎染色体异常有关。
母体因素
内分泌异常：
黄体功能不全：黄体分泌的孕酮对维持妊娠至关重要，若黄体功能不全，孕酮分泌不足，不能为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，就容易引起胚胎停止发育。研究表明，黄体功能不全的女性发生胚胎停止发育的风险比正常女性高。
甲状腺功能异常：甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌减少，会影响胚胎的生长发育，导致胚胎停止发育；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也会对妊娠产生不利影响，增加胚胎停止发育的几率。例如，临床发现甲状腺功能减退的孕妇未经治疗时，胚胎停止发育的发生率明显升高。
子宫异常：
子宫解剖结构异常：如子宫畸形，像单角子宫、双角子宫等，子宫腔形态异常会影响胚胎的着床和生长空间；子宫内膜息肉会干扰胚胎着床，黏膜下子宫肌瘤会改变宫腔内环境，这些都可能导致胚胎停止发育。例如，有子宫畸形的女性怀孕后，胚胎停止发育的风险较正常子宫女性高。
子宫内膜病变：子宫内膜炎会使子宫内膜出现炎症反应，影响胚胎的种植和发育；宫腔粘连会导致子宫内膜面积减少，影响胚胎着床，从而增加胚胎停止发育的可能性。
免疫因素：
自身免疫性疾病：如系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病，体内存在自身抗体，这些抗体可能攻击胚胎，导致胚胎停止发育。研究显示，患有自身免疫性疾病的孕妇发生胚胎停止发育的比例高于正常人群。
同种免疫异常：母体对胚胎的免疫耐受异常，母体免疫系统将胚胎视为“异物”进行攻击，从而引发胚胎停止发育。例如，封闭抗体缺乏时，母体对胚胎的免疫耐受不足，容易导致胚胎被排斥。
感染因素：孕期感染某些病原体，如弓形虫、风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等，病原体可通过胎盘感染胚胎，影响胚胎的正常发育，导致胚胎停止发育。例如，孕妇在孕早期感染风疹病毒，约10%-20%的胎儿会出现严重的先天性缺陷，包括胚胎停止发育等情况。
父亲因素：父亲的精子染色体异常也可能导致胚胎停止发育。随着男性年龄的增加，精子的质量会下降，染色体异常的概率升高，从而影响胚胎的发育。此外，父亲长期接触有害物质，如放射线、化学毒物等，也会增加精子的染色体异常风险，进而影响胚胎发育。
环境因素：孕妇长期接触过多的有害化学物质，如苯、甲醛等，或者长期处于高辐射环境中，都可能对胚胎造成损害，引发胚胎停止发育。例如，在甲醛超标的工作环境中工作的孕妇，胚胎停止发育的发生率可能会增加。
