咽峡炎可由病毒（如柯萨奇病毒、埃可病毒、疱疹性口炎病毒）、细菌（如A组β溶血性链球菌、葡萄球菌、肺炎链球菌）感染引起，也与免疫力低下、环境因素、不良生活方式、过敏因素等有关，病毒通过粪-口、呼吸道飞沫等传播，细菌通过空气飞沫、皮肤接触等传播，免疫力低易受侵袭，环境等因素可增加发病风险，不良生活方式损害咽部黏膜防御功能，过敏体质接触过敏原可引发过敏反应致咽部炎症。
埃可病毒：也是肠道病毒的一种，同样可引起咽峡炎。埃可病毒的传播方式与柯萨奇病毒类似，主要通过粪-口和呼吸道飞沫传播。不同年龄段的人群都可能感染，但儿童相对更易发病。其感染人体后，会在咽部引发炎症过程，导致咽部出现相应的病变，如咽部红肿、有溃疡等表现。
疱疹性口炎病毒：属于单纯疱疹病毒的一种亚型，可引起疱疹性咽峡炎的一种特殊类型。该病毒主要通过直接接触传播，如与感染者握手、亲吻等，也可通过被病毒污染的物品间接传播。人群普遍易感，儿童的免疫系统相对不完善，更容易受到感染。感染后病毒会在咽部黏膜等部位定植并繁殖，导致咽部出现疱疹、溃疡等病变，引起咽峡炎的相关症状。
细菌感染
A组β溶血性链球菌：是引起咽峡炎的常见细菌病原体之一。这种细菌可通过空气飞沫传播，当健康人吸入含有该细菌的飞沫后，细菌会在咽部定植并引发感染。儿童和青少年是A组β溶血性链球菌咽峡炎的高发人群，在学校等集体生活环境中容易传播。该细菌感染咽部后，会产生多种毒素和酶，如链球菌溶血素、透明质酸酶等，这些物质会导致咽部黏膜出现炎症反应，表现为咽部明显红肿、扁桃体肿大、表面有脓性分泌物等症状。
葡萄球菌：包括金黄色葡萄球菌等，也可引起咽峡炎。葡萄球菌可通过皮肤接触、呼吸道飞沫等途径传播。当皮肤有破损时，葡萄球菌容易侵入人体并累及咽部引发感染。在一些免疫力较低的人群中，如患有基础疾病、长期使用免疫抑制剂的患者，更容易受到葡萄球菌的感染而发生咽峡炎。感染后咽部会出现炎症表现，如咽部充血、疼痛等。
肺炎链球菌：一般通过呼吸道飞沫传播。儿童，尤其是2岁以下的婴幼儿，由于免疫系统尚未发育完善，更容易感染肺炎链球菌而引发咽峡炎。肺炎链球菌感染咽部后，会导致咽部黏膜出现炎症，可能伴有发热、咽部疼痛、吞咽困难等症状。
其他因素
免疫力低下：当人体的免疫力低下时，如长期处于疲劳状态、患有慢性疾病（如糖尿病、艾滋病等）、营养不良等情况，身体对病原体的抵御能力下降，更容易受到病毒、细菌等病原体的侵袭而引发咽峡炎。例如，艾滋病患者由于免疫系统受到严重破坏，其咽部容易反复受到各种病原体的感染，导致咽峡炎反复发作且病情较为严重。
环境因素：长期处于空气污染严重的环境中，咽部黏膜容易受到刺激，抵抗力下降，增加了咽峡炎的发病风险。另外，寒冷、潮湿的环境也可能影响咽部的正常生理功能，使咽部更容易受到病原体的感染。例如，在冬季寒冷且空气干燥的环境中，人们的咽部黏膜防御能力降低，容易发生咽峡炎。
不良生活方式：过度吸烟、酗酒会损害咽部黏膜的防御功能，使咽部更容易受到病原体的侵害。长期熬夜会导致人体免疫力下降，也为病原体感染咽部创造了条件。例如，长期吸烟的人咽部黏膜往往处于充血、水肿状态，纤毛运动功能受到影响，容易引发咽部炎症，增加咽峡炎的发病几率。
过敏因素：某些过敏体质的人接触到过敏原后，如花粉、尘螨等，可能会引起咽部的过敏反应，导致咽部出现炎症性改变，表现为咽峡炎的症状，如咽部瘙痒、红肿等。这种情况在过敏季节或者接触到过敏原时更容易发生，过敏体质的人群需要特别注意避免接触过敏原以预防咽峡炎的发生。
