咽峡炎可由病毒（如柯萨奇病毒、埃可病毒、疱疹性口腔炎病毒）、细菌（如A组乙型溶血性链球菌、金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌）感染引起，也与免疫力低下、环境因素、不良生活方式等有关，免疫力低下者易受病原体侵袭，空气污染、寒冷潮湿环境及过度劳累、睡眠不足、缺乏锻炼、营养不良等不良生活方式会增加发病几率。
埃可病毒：也是肠道病毒的一种，同样可导致咽峡炎。埃可病毒的传播方式与柯萨奇病毒类似，主要通过粪-口和呼吸道飞沫传播。不同年龄段的人群都可能感染埃可病毒，但儿童更易发病。感染埃可病毒后，除了有发热、咽痛等症状外，还可能伴有皮疹、头痛、呕吐等其他表现，咽峡部也会出现相应的炎症改变。
疱疹性口腔炎病毒：属于单纯疱疹病毒的一种类型，主要引起口腔及咽峡部的炎症反应。该病毒可通过直接接触传播，例如与感染者密切接触、共用餐具等。成年人和儿童都可能感染，尤其是当人体免疫力下降时，如过度疲劳、患有某些慢性疾病等情况下，更容易受到疱疹性口腔炎病毒的侵袭而引发咽峡炎，表现为咽峡部出现疱疹、溃疡，伴有明显的咽痛和发热等症状。
细菌感染
A组乙型溶血性链球菌：是导致咽峡炎的常见细菌病原体之一。这种细菌主要通过空气飞沫传播，当健康人吸入含有A组乙型溶血性链球菌的飞沫后，细菌可在咽部定植并引发感染。儿童和青少年相对更容易感染该细菌，因为他们在学校、托幼机构等集体环境中接触机会较多。感染后患者会出现剧烈咽痛、高热、咽部明显充血、扁桃体肿大，表面有脓性分泌物等症状，部分患者还可能伴有颈部淋巴结肿大等表现。
金黄色葡萄球菌：可引起咽峡炎，但相对不如A组乙型溶血性链球菌常见。金黄色葡萄球菌可通过皮肤接触、飞沫等途径传播。当咽部黏膜有破损等情况时，金黄色葡萄球菌容易侵入引发感染。患者咽部会出现红肿、疼痛等炎症表现，严重时也可能有脓性分泌物附着。在一些免疫力低下的人群中，如患有糖尿病、艾滋病等疾病的患者，更容易受到金黄色葡萄球菌的感染而发生咽峡炎。
肺炎链球菌：也可导致咽峡炎。肺炎链球菌通常存在于人的鼻咽部，当人体免疫力下降时，细菌可趁机繁殖并引发感染。该菌可通过飞沫传播，儿童和老年人是相对易感人群。感染后患者咽部会有炎症表现，可能出现发热、咽痛等症状，严重时炎症可能向周围组织扩散。
其他因素
免疫力低下：无论是儿童还是成年人，如果自身免疫力低下，例如患有先天性免疫缺陷疾病、长期使用免疫抑制剂（如接受器官移植后需要长期服用免疫抑制剂的患者）、患有慢性疾病导致身体抵抗力下降（如慢性阻塞性肺疾病、糖尿病等），那么就更容易受到各种病原体的侵袭，包括病毒和细菌等，从而增加了患咽峡炎的风险。以糖尿病患者为例，由于血糖控制不佳，机体的免疫功能受到影响，白细胞的吞噬功能降低，使得咽部抵御病原体的能力下降，更容易发生细菌或病毒感染引发咽峡炎。
环境因素：长期处于空气污染严重的环境中，空气中的有害颗粒物、化学污染物等可刺激咽部黏膜，降低咽部的防御功能，增加咽峡炎的发病几率。例如在工业污染较为严重的地区，或者长期处于吸烟环境中的人群，咽部黏膜经常受到刺激，容易发生炎症。另外，寒冷、潮湿的环境也不利于咽部的健康，寒冷可使咽部血管收缩，局部抵抗力下降；潮湿的环境有利于病原体的滋生和繁殖，这些因素都可能诱发咽峡炎。
不良生活方式：长期过度劳累、睡眠不足会使身体的免疫力降低，增加感染病原体的可能性。例如一些经常熬夜加班的人群，身体处于疲劳状态，免疫力下降，容易受到病毒或细菌的感染引发咽峡炎。此外，缺乏锻炼、营养不良等也会影响身体的免疫力，例如长期挑食、偏食导致维生素和矿物质摄入不足的人群，咽部黏膜的完整性和抵抗力会受到影响，容易发生咽峡炎。
