咽峡炎早期症状因病因不同有差异，局部症状有咽痛（轻时为咽部不适，重时吞咽剧痛，儿童可现烦躁拒食等）、咽部充血（细菌感染时更明显，可有渗出物）、咽峡部疱疹或溃疡（如疱疹性咽峡炎有灰白色疱疹，樊尚咽峡炎有溃疡伴假膜）；全身症状有发热（病毒感染发热程度不一，细菌感染多高热，儿童发热更突出且可能惊厥）、乏力（机体应对感染致全身不适）、头痛（与发热及炎症反应有关，程度因人而异，儿童头痛需防颅内感染等并发症），不同人群早期症状有差异。
局部症状：
咽痛：多为首发症状，病情较轻者可能只是咽部不适感，随着病情发展，咽痛会逐渐加重，尤其是在吞咽时疼痛明显加剧。例如病毒性咽峡炎，早期就可能出现不同程度的咽痛，有的患者咽痛较为轻微，而有的患者咽痛剧烈，影响进食和吞咽。对于儿童来说，由于表达能力有限，可能会表现出烦躁、哭闹、拒食等情况，这是因为咽痛导致他们吞咽困难，从而不愿意进食。
咽部充血：检查时可见咽部黏膜呈现弥漫性充血状态，咽峡部的黏膜也不例外。如果是细菌感染引起的咽峡炎，咽部充血往往更为明显，可能还会伴有黏膜下的点状或片状渗出物。比如链球菌感染导致的咽峡炎，早期咽部充血较为显著，并且可能在扁桃体表面看到白色或黄色的渗出物。
咽峡部疱疹或溃疡：某些病毒感染引起的咽峡炎会有特殊表现，如疱疹性咽峡炎，早期咽峡部会出现散在的灰白色疱疹，周围绕以红晕，多见于扁桃体前柱，但也可位于软腭、悬雍垂等部位；而樊尚咽峡炎则表现为咽部溃疡，溃疡表面覆盖有灰白色假膜，周围黏膜充血。对于儿童疱疹性咽峡炎患者，家长可能会发现孩子咽部有疱疹样病变，这是早期比较典型的局部表现之一。
全身症状：
发热：不同病因引起的咽峡炎发热情况有所不同。病毒感染引起的咽峡炎，发热程度不一，可为低热，体温在37.5℃-38℃左右，也可为中度发热，体温在38℃-39℃之间，部分患者还可能出现高热，体温超过39℃；细菌感染引起的咽峡炎，往往发热较为明显，多为高热，体温可迅速上升到39℃以上，且体温波动较大。儿童由于免疫系统尚未完全发育成熟，在感染咽峡炎时，发热可能更为突出，而且幼儿可能会因为发热出现惊厥等情况，所以需要密切关注儿童患者的体温变化。例如，在疱疹性咽峡炎的患儿中，发热是常见的全身症状，有的患儿发热持续1-2天，有的则可能持续3-5天不等。
乏力：患者会感觉全身没有力气，精神状态较差，活动耐力下降。无论是病毒性还是细菌性咽峡炎早期，都可能出现乏力症状，这是因为机体在应对感染时，消耗了大量能量，导致患者出现全身不适、乏力的表现。对于成年人来说，乏力可能会影响日常的工作和生活，而儿童则可能表现为活动减少、嗜睡等情况。
头痛：部分患者会出现头痛症状，这与发热以及感染引起的全身炎症反应有关。发热会导致头部血管扩张，从而引起头痛；炎症因子的释放也可能刺激神经，导致头痛的发生。不同个体头痛的程度有所差异，有的患者头痛较为轻微，只是隐隐作痛，而有的患者头痛较为剧烈。在儿童咽峡炎患者中，如果出现头痛，家长需要注意观察孩子是否还有其他异常表现，如精神状态、呕吐等，以排除是否有颅内感染等并发症的可能。
不同年龄、性别、生活方式和病史的人群在咽峡炎早期症状上可能会有一些差异。例如，儿童由于呼吸道屏障功能较弱，感染咽峡炎后症状可能相对更明显，全身症状出现的概率可能更高；而成年人如果本身有慢性疾病，如糖尿病等，在感染咽峡炎后，病情可能更容易加重，早期症状可能也会有所不同。生活方式方面，长期吸烟的人咽部本身处于相对敏感的状态，感染咽峡炎后咽痛等症状可能会更严重。有咽峡炎病史的人群再次感染时，早期症状可能会相对较轻，但也可能因再次感染的病原体不同而有所变化。
