肝内胆管结石有无症状期和典型症状及并发症相关症状。无症状期部分患者无明显症状；典型症状包括腹痛（右上腹或上腹部隐痛、胀痛或绞痛，进食油腻等可诱发，不同人群表现有差异）、黄疸（胆管梗阻时皮肤巩膜黄染，程度因梗阻程度而异，有基础肝病等人群风险高）、发热（伴胆管炎时低热至中度发热，严重感染可高热，儿童患者突出，老年患者不典型）、寒战（常与发热同时，胆道感染严重时寒战高热交替，有胆道基础疾病者概率增加）；并发症相关症状有胆管炎反复发作（反复出现原症状且可致胆管狭窄等）、肝脓肿（持续高热、右上腹剧痛、消瘦等，免疫力低下人群风险高）、肝硬化（出现腹水、门静脉高压、脾大等，老年及特殊生理时期女性患者易发展）。
部分患者在肝内胆管结石初期可能没有明显症状，这是因为结石较小且未引起胆道梗阻或感染。例如，一些偶然通过体检发现的肝内胆管结石患者，在相当长的一段时间内可能仅表现为腹部轻微的隐痛或不适，容易被忽视。这在一些长期饮酒、有高脂饮食等不良生活方式的人群中相对常见，由于生活方式的影响，胆道系统的代谢可能出现异常，但结石较小时未引发明显的病理反应。
典型症状
腹痛：是较为常见的症状。多为右上腹或上腹部隐痛、胀痛或绞痛。疼痛可因进食油腻食物、体位改变等因素诱发。比如进食大量油腻食物后，胆汁分泌增加，结石移动刺激胆管，引起胆管痉挛，从而出现腹痛。在不同年龄人群中表现可能有差异，儿童患者腹痛可能相对更难以准确表述，常表现为哭闹不安等；老年患者由于对疼痛的敏感性降低，腹痛可能相对较轻且不典型。
黄疸：当结石引起胆管梗阻时可出现黄疸，表现为皮肤、巩膜黄染。这是因为胆管梗阻后，胆汁排出受阻，胆红素反流入血。黄疸的程度可因梗阻的程度不同而有所差异，部分患者可能仅表现为皮肤轻度发黄，而严重梗阻时则全身黄染明显。在有基础肝脏疾病或胆道系统解剖结构异常的人群中，发生黄疸的风险可能更高，例如本身有肝硬化的患者，肝脏对胆红素的代谢能力下降，即使较小的胆管梗阻也容易出现黄疸。
发热：常伴有胆管炎时可出现发热症状，多为低热至中度发热，若感染严重可出现高热。这是由于胆道感染导致炎症反应，机体出现发热以对抗感染。在儿童肝内胆管结石患者中，发热可能是较为突出的表现，因为儿童的免疫系统相对较弱，感染容易扩散。而老年患者由于机体抵抗力下降，感染后发热可能不典型，有时仅表现为精神萎靡等非典型症状。
寒战：多与发热同时出现，是由于细菌感染后，体温调节中枢紊乱，引起肌肉不自主收缩所致。在胆道感染严重的情况下，寒战和高热交替出现较为常见。对于有胆道基础疾病的患者，如既往有胆道手术史的人群，发生肝内胆管结石后，出现寒战、发热的概率可能增加，因为手术可能导致胆道局部解剖结构改变，增加感染的风险。
并发症相关症状
胆管炎反复发作：如果肝内胆管结石长期存在，容易反复引起胆管炎，除了上述的腹痛、发热、黄疸等症状反复出现外，还可能导致胆管狭窄等并发症。胆管狭窄会进一步影响胆汁的排出，加重病情，患者会出现更频繁的腹痛、黄疸加重等表现。在有多次胆管炎发作史的患者中，肝脏可能逐渐出现纤维化等改变，影响肝脏的正常功能。
肝脓肿：严重的胆道感染可蔓延至肝脏，形成肝脓肿。患者可出现持续高热、右上腹剧烈疼痛、消瘦等症状。肝脓肿若不及时治疗，可能会引起脓毒血症等严重并发症，危及生命。对于糖尿病患者等免疫力低下的特殊人群，发生肝脓肿的风险更高，因为高血糖环境有利于细菌生长繁殖，且患者自身抵抗力下降，感染容易扩散形成肝脓肿。
肝硬化：长期的肝内胆管结石导致胆道梗阻、反复感染，会逐渐引起肝脏纤维化，最终发展为肝硬化。患者可出现腹水、门静脉高压、脾大等表现。在老年患者中，本身肝脏功能随着年龄增长有所下降，若合并肝内胆管结石，更容易向肝硬化方向发展。女性患者在妊娠等特殊生理时期，由于激素水平变化等因素，可能会影响胆道系统的功能，若有肝内胆管结石，在这些时期可能会加重病情，增加向肝硬化发展的风险。
