甲状腺囊肿的发生与多种因素相关，包括先天性因素如胚胎时期甲状腺发育异常；碘摄入因素，碘摄入不足或过量均可影响甲状腺功能与结构从而引发囊肿；炎症因素，甲状腺自身慢性炎症或周围组织炎症波及甲状腺可致囊肿形成；其他因素，如遗传因素使个体具遗传易感性，放射性暴露损伤甲状腺组织增加囊肿发生几率。
一、先天性因素
（一）甲状腺发育异常相关
1.胚胎时期发育问题：在胚胎发育过程中，甲状腺始基的正常迁移、分化等过程出现异常可能导致甲状腺囊肿相关情况。如果甲状腺始基未能正常从舌根部向颈部下方迁移至正常位置，或者在迁移过程中形成的结构出现异常分化，就可能引发甲状腺局部的结构改变，进而有形成囊肿的潜在可能。这种先天性的发育异常在胎儿时期就已存在，是甲状腺囊肿发生的一个可能的先天性因素，不同性别在胚胎发育时期受到的影响相对无明显性别差异，但整体发生率相对较低。
二、碘摄入因素
（一）碘摄入不足
1.对甲状腺功能的影响：碘是合成甲状腺激素的重要原料，当人体长期碘摄入不足时，甲状腺会通过代偿性增生来试图合成足够的甲状腺激素，这种长期的代偿性增生过程中，甲状腺组织可能会出现结构紊乱，局部可能形成囊肿。例如，一些远离沿海地区且长期食用碘含量极低食物的人群，就更容易因为碘摄入不足而增加甲状腺囊肿的发生风险。不同年龄人群均可因碘摄入不足受影响，儿童时期碘摄入不足会影响甲状腺的正常发育，可能为日后甲状腺囊肿的形成埋下隐患；成年人碘摄入不足也会使甲状腺处于相对不稳定的状态，增加囊肿发生几率。
（二）碘摄入过量
1.导致甲状腺功能及结构改变：短期内大量摄入碘或者长期碘摄入过量也可能引发甲状腺囊肿。过量的碘会干扰甲状腺激素的正常合成与分泌调节机制，导致甲状腺组织的代谢和结构发生变化，进而促使囊肿形成。比如一些长期大量服用含碘药物的人群，就面临碘摄入过量引发甲状腺囊肿的风险，不同性别在这方面并无绝对差异，但长期大量服用含碘药物的人群需要特别关注甲状腺状况。
三、炎症因素
（一）甲状腺自身炎症
1.慢性炎症的影响：甲状腺的慢性炎症，如自身免疫性甲状腺炎等，在炎症过程中，甲状腺组织会受到炎性细胞的浸润，组织细胞发生变性、坏死等改变，局部的组织结构被破坏，进而可能形成囊肿。自身免疫性甲状腺炎在女性中的发病率相对较高，可能与女性的内分泌特点等因素有关。在炎症持续作用下，甲状腺组织不断被破坏和修复，这个过程中容易出现组织液的潴留等情况，逐渐形成囊肿。例如，桥本甲状腺炎是一种常见的自身免疫性甲状腺炎，患者甲状腺组织长期处于炎症状态，随着病情进展，就有较大可能发展为甲状腺囊肿。
（二）周围组织炎症波及
1.炎症扩散的作用：颈部周围组织的炎症如果波及甲状腺，也可能影响甲状腺的正常结构，导致囊肿形成。比如颈部淋巴结炎等炎症，如果炎症蔓延至甲状腺区域，刺激甲状腺组织，引起甲状腺局部的反应性改变，进而出现囊肿。这种情况在不同年龄和性别人群中都可能发生，但如果周围组织炎症较为严重且未得到及时控制，就更容易影响到甲状腺。
四、其他因素
（一）遗传因素
1.遗传易感性：某些遗传因素可能使个体具有甲状腺囊肿的遗传易感性。如果家族中有甲状腺囊肿的病史，那么家族成员患甲状腺囊肿的风险可能会相对增加。虽然具体的遗传机制还在进一步研究中，但已经发现一些基因的突变或多态性与甲状腺囊肿的发生存在关联。不同性别在遗传易感性方面并无本质差异，但如果家族中有相关病史，女性可能需要更加关注自身甲状腺的定期检查，因为某些甲状腺疾病在女性中的发病率相对较高，遗传因素叠加可能会使发病风险进一步升高。
（二）放射性暴露
1.对甲状腺的损伤：长期接受放射性物质照射，如头部或颈部曾进行过放射性治疗等，会对甲状腺组织造成损伤，影响甲状腺的正常结构和功能，增加甲状腺囊肿的发生几率。不同年龄人群中，如果有放射性暴露史，儿童由于甲状腺处于生长发育阶段，受到放射性损伤后更易出现结构异常，发生甲状腺囊肿的风险相对更高；成年人接受放射性暴露后也可能因甲状腺组织受损而引发囊肿。
